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店，在今甘肃礼县）、松潘迭宕威茂州宣抚司（在今甘南川北）等地面。
吐蕃等路宣慰使司都元帅府的辖境，主要是朵甘思（mdo-khams）之地，即今川西理塘、甘孜等地区，所以简称朵甘思宣慰司。khams今译“康”，就是“西康”、“甘孜”等地名的来源。其下辖机构有朵甘思都元帅府，碉门（在今四川天全）、鱼通（在今四川康定）等处安抚使司，朵甘思、哈答（在今四川泰宁）、李唐（今四川理塘）、鱼通等处钱粮总管府：还有刺马儿刚招讨司，奔不招讨司，奔不儿亦思刚，亦思马儿甘万户府等。“刚”、“甘”都是藏语sgang音译，意即山岗。吐蕃古史有“朵甘思六岗”，剌马儿刚等地或即六岗地面之所在。
乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府，所辖为吐蕃本部的前、后藏和阿里地区，简称乌思藏宣慰司。乌思即藏语dbus的音译，指前藏；藏即gtsang的音译，指后藏；纳里速古鲁孙藏文作mngah-risskor-gsum，意即“阿里三围”，大概是一个很古老的地名，原指朗达玛系三王子在今西藏西部阿里地区建立的三个小王国。当时前藏的首府是拉萨，后藏的首府则是萨斯迦。
吐蕃本部的僧俗居民，约在1260年末完成括户之后被编为十三个万户。以后地方上的户口迭有变动，万户的设置也必然有增减调整。但“十三万户”却成了表示藏地居民的固定名词。汉文和藏文文献提到的乌思藏万户的数目要多于十三个，它们中间有：“沙鲁田地里管民万户”，在今日喀则南的霞炉地方；“出密万户”，在今日喀则西南曲弥；“加麻瓦万户”和“札由瓦万户”，分别在今墨竹工卡西南的甲马和隆子东南的加玉；“拉兑洛万户”和“拉兑绛万户”，分别在“拉兑”（lja-stod，即后藏西部）的南（lho）、北（byang）地区，即今定日、昂仁；“羊出万户”，在前后藏之间今羊卓雍湖一带。
又有“搽里八田地里管民万户”，即设立在搽里八派控制地区的万户；“迷儿军万户府”，即元代几次武装反抗朝廷的必里公教派所在地区万户；“思答笼剌万户”，“伯木古鲁万户”，“牙里不藏思八万户”，“绛出万户”（在今日喀则东北香曲河流域），则分别是置于思答笼派、伯木古鲁派、牙不藏派、香巴噶举派势力范围内的万户；“乌思藏田地里管民万户”，可能是由萨斯迦法王直属地区内的僧俗人口组成的。
此外还有一些万户情况不详，如“嗸笼答刺万户”。
上述这些万户大体可以归为两大类。一类是设置在各教派势力所在地区的万户组织，万户长的职位往往控制在各教派法王所从出的那些家族手里。另一类万户中不存在一个占绝对优势的政教合一的权力，因此在性质上也更接近于地域性的行政组织。
现在可以知道的万户，几乎全都分布在乌思、藏即前、后藏地区，“纳里三围”即阿里地区与乌思藏同时被元政府括户，似乎也应当有万户或者千户的建制。详细情况还有待进一步的研究。
十三万户所统辖的藏地民户，分为两大类。一类是寺属民户，另一类是一般民户，藏语分别称为拉德（lha-sde）和米德（mi-sde）。据藏文史籍，元代在藏地设置万户时，以六千户为拉德，四千户为米德。这就是说，当时人口的十分之六隶属于寺院，向其所属寺院负担封建义务；总人口的十分之四是一般民户，要承当政府摊派的各种赋役。拉德和米德中的绝大多数直接生产者，都是寺院或者世俗领主的世袭农奴。前后藏所设万户的一般民户总数在34000户左右，按它占总户数4／10的比例推算，则元代乌思藏地区的民户总数，至少应当在八九万之间。
从行政体制上看，乌思藏宣慰司与朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司是平级并行的行政建制。但因为乌思藏宣慰司所管地面是吐蕃本部，宣慰司最高长官一职在元前期和中叶又长期在帝师萨斯迦法王所自出的款氏家族控制下，所以这一道宣慰司的地位看起来就好像有一点特殊。
藏文史籍明确地载录了首任乌思藏三路军民万户释迦藏卜的这个职衔，“三路军民万户”采用的是对汉字逐个音译的形式，作zam-klu-gun-mindben-hu。这个机构后来改称宣慰司，藏文同样采取音译，写作swon-we-se（“宣慰司”）。与此同时，从释迦藏卜开始，藏文史料又相当完整地记录了统治吐蕃本部的历任长官，他们都有“本禅”（dpon-chen，dpon译言“官人”，chen即“大”。这个词也被译作“本钦”）的官号。它的意思即“大官人”。本禅的官名未见于元以前的吐蕃当地官制中。它既然始于元代，就很像是蒙语“也客那颜”（“大官人”）的对译词，用来指称中央政府所属各官僚机构中为首的长官，如宣政院（藏文译写作son-bying-dben）的院使，藏文就写作rtsa-bahidpon-chen；以至治理吐蕃的内地中央王朝本身，也可以被叫做“本巴”（dpon-pa，即“官家”或“官人”）。本禅和本巴的官号或者特指名称，表明了从元朝开始内地中央政府在藏域所享有的政治权威。
那么，此种受中央政府任命统治藏地的历任本禅，与乌思藏宣慰司乃至其他两道宣慰司，究竟是什么样的关系呢？对这个问题，目前存在两种不同的看法。一种看法认为，本禅就是对乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的长官，即五名宣慰使中为首的那名宣慰使的别称。很可能蒙古人把这个为首的宣慰使径称为该机构的“大官人”，经藏语移译，遂有本禅之名。所以本禅政权也就是乌思藏宣慰司。另一种看法，则以为元代西藏存在着一个高于二三道宣慰司的本禅政府，它才是藏地最高的地方政权。从目前的研究来看，前一种意见似乎更稳妥。
乌思藏宣慰司的首席宣慰使之职，长期为萨斯迦教派的座主款氏家族所垄断，所以它被称为“萨斯迦本禅”。萨斯迦法王与萨斯迦本禅互为奥援，形成藏地中部势力最大的一个政教权力中心。但是它在吐蕃之境并非没有挑战者。元朝前期，它的对手主要是必里公派。萨斯迦在朝廷支持下击败了必里公派。元朝后期，帕木竹巴的势力日盛，终于压倒萨斯迦，成为前后藏各教派事实上的盟主。
1280年的必里公之乱始于他们攻毁一个对立教派寺院的行动（1285）。据说他们取得了与“西蒙古”的诸王的联盟。这个西蒙古诸王当然不可能是这时已在西亚立国的旭烈兀系，而大概是察合台系的诸王都哇。在他们的支持下，必里公与萨斯迦的冲突逐渐尖锐，乌思藏驿道因此堵塞。1290年，藏地的混乱局面迫使元廷命镇西武靖王铁木儿不花率部进征，与萨斯迦本禅阿格伦朵儿只班合攻必里公和“西蒙古”诸王亦邻真的联军。必里公军大败，贡巴（必里公派行政和军事长官）和亦邻真被擒，教派主寺被焚毁。
除必里公以外，前藏较强大的教派还有帕木古鲁和搽里八。1320年，自赏竹监藏（又译绛求坚赞）就任帕木竹巴万户的长官后，该教派的势力迅速上升，于是成为前藏各教派反抗萨斯迦肆行威福的中坚。1329年，袭封白兰王的八思巴侄孙琐南藏卜巡行前藏，一直住到1333年仍不离去。前藏诸教派首领会商对策，想要求白兰王移驻别地。搽里八首领说：“我的地方处于关隘要地。担当不起，不敢禀告。”必里公法王因与萨斯迦早有仇隙，也不敢首先陈述，所以对赏竹监藏说：“您是萨斯迦的大弟子，您说为宜。”结果是赏竹监藏在白兰王面前首先发难。他愤懑难抑地对白兰王说：“先前承侍了四年，您尚不满足。现在前藏人已山穷水尽，无能为力了。若还不知足，我们前藏所有首领就都充任白兰王您本人的侍从……我们全体的人马都来服侍你。”这样才把白兰王强行送走。与此同时，帕木竹巴和搽里八、牙不藏、必里公各派间也因抢夺地面不断发生摩擦、争执，甚至战争。
错综复杂的利益冲突，导致萨斯迦本禅利用帕木竹巴和搽里八、牙不藏之间的矛盾，下令传讯赏竹监藏。后者抗命不从，终被本禅撤职拘禁。赏竹监藏从被羁押处逃脱，于是爆发了本禅率领的各万户与帕木竹巴之间的战争。赏竹监藏交战获胜，巩固了称霸前藏的优势。1350年初，赏竹监藏派人到大都，为自己对抗萨斯迦本禅辩护，并请求朝廷赐还被本禅褫夺的万户职权、减免一半赋役。元廷赐万户所佩银字圆符二枚，准予除驿站差发外减免一半赋役。接着赏竹监藏又乘萨斯迦内部发生帝师二子囚禁本禅加瓦藏卜的变乱，出兵后藏，占领萨斯迦寺。加瓦藏卜本禅被救出后，表示愿意奏请皇帝，举荐赏竹监藏作本禅。后者傲慢地回答：“较之本禅，还是我目前的万户长职务好。我起誓，我根本不羡慕本禅职务。”1357年，他又从朝廷求得“大司徒”的封号和印玺。
因此，从1350年起，萨斯迦本禅虽然仍旧存在，但统治前、后藏的实际权力，早已转移到不屑称本禅、宁愿自称“第悉”（sde-srid，译言“摄政”）的帕木竹巴派首领的手中。赏竹监藏在他的类似遗嘱的告后人书里说，“对待宣慰使司和各地大小首领，应像裁剪小孩的衣服一样临机处置”。乌思藏宣慰司在这个跋扈的“大司徒”眼中，已经完全没有什么权威可言了。
黄金家族曾按吐蕃佛教各派所统僧俗人户在各支成员间进行分封，由此与藏地人户结成领属与被领属的关系。这绝不是一般的“施主—福田”关系，而是按家产制的观念将藏地完全纳入元朝政治统治体系的一种方式。元代藏地的政教势力把元帝的“札撒”（圣旨）、宣政院的“札付”文书、朝廷颁发的金银字牌符和印章看做自己权力合法性的依据。他们要打倒敌对势力时，务求剥夺对方所有的这些权力象征。他们在与藏域的地方政权发生对抗时，往往要派人到朝廷为自己辩解，求得元廷对其行为的认可。直到元末，他们对中央政府承担的赋役和驿站差发，未经朝廷同意豁免，也不能擅自停止缴纳。“本禅”、“本巴”等词语的产生，有力地证明了内地中央王朝的政治权力及于藏域的事实在藏人政治观念中的反映。省政、王政与段氏大理“唐标铁柱，宋挥玉斧，元跨革囊。”
——昆明大观楼长联省政与王政并莅从8世纪中叶到13世纪中叶，云南先后被独立于中央王朝的区域性政权南诏和大理所统治。唐王朝曾遣使与南诏王会盟于点苍山（在今云南下关）下，并树立铁柱以为见证。北宋平灭蜀地后，统兵大将王全斌向宋太祖献图，建议乘胜进军云南。宋太祖用玉斧比划着舆图上的大渡河说：“此外非我有也。”云南“正朔不加，车书不一”，长达500多年。
根据云南地方史书，元与大理之间最早的直接军事冲突，发生在1244年。大理国权臣高禾（一作高和）领军，与从灵关（在今四川雅安西南）南下的一支蒙古偏师交战于大理北境，战死。近代在云南丽江九和里白王庙遗址发现的圮塔残砖，上刻“……兵到高逾城白王在阵亡……”“……追为高逾城和高福善及战亡……”等汉字和梵文咒语。这座白王塔，显然是为纪念阵亡的高禾建造的。
蒙哥即大汗位后，命忽必烈率兵进征南宋。忽必烈奏准蒙哥，先攻取大理，以迂回包抄南宋。1253年夏，他从漠北进抵六盘山驻牧；至秋，挥兵南下，由川西入滇，乘皮囊、木筏渡金沙江，直逼大理国首府大理城。所谓“元跨革囊”，即指此。大理国主段兴智和重臣高泰祥杀谕降使臣，迎战失利后，弃城东逃。不久，高泰祥被追兵擒获，处死前叹曰：“段运不回，天使其然。为臣陨首，吾事毕矣。”1254年初，忽必烈留大将兀良合台继续攻略未下诸地，自己由原路北返。秋，兀良合台克鄯阐（今云南昆明），追获段兴智。乌良合台转战云南各地再历两年，遂收服“大理五城、八府、四郡，洎乌、白等蛮三十七部”。段兴智被遣送到大汗处北觐。翌年献地图，“条奏治民立赋之法”。蒙哥许其仍用“摩诃罗嵯”（梵语，译言“大王”）的名号，管领云南诸部。
古代文人段氏灭国的最初20年间，元对云南实行的基本上是军事占领式的统治，大理国时代的行政地理概念仍得到保留。所谓“五城”，即洱海沿岸大理国的王畿内诸城；“八府四郡”都是王畿之外分封给权贵（主要是高氏）的行政区，主要分布在滇东和滇西北；“三十七部”则是散布在今滇池和抚仙湖周围广阔地带的各部族酋寨，其中的主要成分大概是乌蛮。按照蒙古人的概念，则当地云南包括了哈刺章、茶罕章、鸭赤、赤突哥儿和金齿等几大部分。作为专称，哈剌章指滇西的大理王畿或者大理城。蒙语哈刺译言黑，与哈剌相对的是茶罕，译言白。茶罕章指位于吐蕃与大理交界处的今云南丽江。两个名词中都有“章”，应当是蒙古人从吐蕃那里听来的他们对云南地区及其居民的称呼，因为吐蕃把南诏称为hjang。至于hjang的来源就更加古老了，它原先是吐蕃对南北朝时期南中著名统治家族痞氏的姓氏之音译。鸭赤指今昆明。这是蒙古人从云南地区最先归附他们的丽江“茶罕章”（纳西人）那里听来的。纳西语至今称昆明为yichi（纳西语南方的意思），因为它是纳西人居地南方的大城。赤秃哥儿是蒙语chitkcr的音译，意思是“鬼”。元代蒙古人用它指称滇东北和黔西地区以及居住在这里的乌蛮（罗罗斯）诸部。从宋代开始，这里就有一个著名的地域性部族集团“罗氏鬼国”（或称罗鬼）。蒙语的赤秃哥儿即对罗鬼之名的意译；再从蒙语倒译为汉语，遂产生了“鬼蛮”这样的名称。金齿“国名百夷”，指大理西部的傣语居民。上述五部分中间，最核心的地区是哈刺章和鸭赤。南诏、大理立国于滇西500年，哈剌章又是最重要的政治、经济和文化中心。所以这个名称亦可用来泛称整个云南。
忽必烈即位后，始而加强对云南的控制。中统年间先后置大理国总管（仍用段氏）、大理元帅府。至元四年（1267），封皇子忽哥赤为云南王，王府之外又置大理等处行六部，用云南王和行六部限制段氏的行政权力。朝中有人对于派忽哥赤到“荒服”之地表示担心。忽必烈说：“我实在很喜欢那里的风土。如果不是天命落在我的身上，我一定会请求把自己分封到那里去的。”忽哥赤莅镇云南不出四年，被都元帅宝合丁和行六部尚书兼王傅阔阔带合谋毒死。此后云南局面一直不稳。十一年（1274），元廷命赛典赤瞻思丁带中书省平章政事的相衔行省云南。元对云南的统治遂进入一个新的时期。
赛典赤祖先是中亚不花剌城（今译布哈拉）的贵族。他本人从侍奉成吉思汗起家，历仕诸汗，“功闻五朝”，积累了各方面的经验。回回人长于理财，他曾经是蒙哥得力的财政官僚。他也曾长期担任地方行政首脑，甚至还作为统军将领，在前线带兵与宋军对垒。忽必烈要找一个谨慎、宽厚的官员去“怀柔”云人，结果选中这个兼有治军和经济才干的全才型政治家。他确有知人善任的高明本领。
以赛典赤为首的新的统治云南的机构，没有设立在大理城，而建治于鄯阐。这不但摆脱了段氏对行省治政的干扰，而且反过来把世任大理总管的段氏的势力钳制在滇西，尤其是大理地区范围之内。因赛典赤的建议，元廷改变对云南实行军事占领式统治时期以当地首领充任万户、千户官员兼摄地方行政，军民不分治的局面，在各地遍置郡县。郡县行政官员均由朝廷委派。由于离开中央政府太远，元政府后来规定，三年一次遣使云南，会同行省首脑长官，就便委任或迁调六品以下官职，事后呈中书省追授。五品以上官员则仍需移咨中书省铨注。边远地区的土官有品秩但不入迁流，死后由其兄弟子侄袭职。为鼓励内地官员到云南任职，至元后期宣布，中书省直辖地区的官员迁调云南，可升二等任用，去极边重地任职甚至可升三等。在云南做吏员，出职进入流官行列也比内地容易一些。官员病死云南任上，可由政府提供驿站服务，归葬原乡。云南地方官本来有权擅决死罪，至元二十年诏，自后死刑判决仍须像其他地方一样，报中央政府审核。行省建立后，对云南的治理逐渐被纳入与元对其他省区的统治相一致的体系，虽然云南比在中原汉地罢世侯、军民分治、立迁转法晚了十多年。
除行政建置方面的大规模调整，赛典赤在云南的治绩，在纪念他的“德政碑”里被概括为：“省徭役，招散亡，恤鳏寡，兴儒教，备水抗旱灾，礼接贤士。削去冗官，建屯田，制楮币（发行纸币），设路食以待劳民，薄征税以广行旅。”元代云南社会，在建省后的二三十年，也就是赛典赤和他的儿子纳速刺丁、忽辛等在云南任职的时期最为繁荣安定。这表明赛典赤的上述治滇方针是收到了一定程度的实效的。
元成宗以后，元朝封在云南的出镇宗王势力渐大，世袭大理总管的段氏也羽翼再丰。双方“一恃宗亲，一恃故物”，因两不相下而交恶，同时又都对行省形成牵制。三种政治势力间错综复杂的关系，逐渐把云南统治当局的内部矛盾推向尖锐。
赛典赤入滇时，有“宗王脱忽鲁方镇云南”。至元十七年（1280），即赛典赤死于云南任上的次年，被毒杀的忽哥赤之子也先帖木儿得袭封云南王。至元二十七年，忽必烈复以皇孙甘麻剌（真金子）为梁王，镇鄯阐，地位在建藩哈刺章的云南王之上。二十九年，甘麻刺徙封晋王，移镇漠北。次年，其子松山袭封梁王。至大元年（1308）初，也先帖木儿从二字王进封为一字营王，离开云南。武宗怕梁王势大难制，以其“有风疾”将他召回，另任诸王老的（忽必烈第七子奥鲁赤之子）代镇，仍封云南王。老的出镇不久，就想把势力伸向大理总管段光控制下的滇西。至大二年，双方的冲突发展到以刀兵相见，段光战败。他惧梁王遣兵西袭，派高蓬守重镇罗那关（在今云南牟定西）。梁王想收买高蓬，高蓬写诗回绝。诗云：“寄语下番梁王翁，檄书何苦招高蓬。身为五岳嵩山主，智过六尺缩地公。铁甲铁盔持铁槊，花鞍花索驭花聪。但挥眼前黄石阵，击破孤云几万重。”梁王乃重赂高蓬的厨人刺蓬。厨人以蓬首出献，梁王杀之以自解。
七年之后，老的北觐仁宗，未详以后他是否返回云南。我们只知道英宗（1320）即位后，又把云南王转封给松山的儿子王禅。松山和继承英宗皇位的泰定帝同为甘麻剌之子。所以泰定帝一即位（1323），就把王禅由云南王晋封为梁王，又以王禅子帖木儿不花袭封云南王。
泰定帝死后，王禅和帖木儿不花都支持他的儿子阿刺吉八即位，成为上都集团对大都派发动汗位继承战争的中坚。上都战败，王禅赐死，甘麻刺系在云南的势力瓦解。由于两都之战的战场在北方，云南本地未受其害。但在紧接着发生明宗（和世）被文宗（图帖睦尔）集团毒死的事件后，驻扎在云南的效忠于明宗的诸王秃坚等终于由观望和消极抗命的立场转而公开称兵，史称“秃坚之乱”。从至顺元年（1330）正月到翌年夏初，战火弥漫整个滇东北。在此之前，云南无战事已历半个世纪之久。变起仓卒，人心危惧。元廷先后调四川、江浙、河南、江西、陕西、朵甘思、朵思麻等处军队平乱。云南社会经济因此遭受不小的破坏。
元统二年（1334），元廷又封阿鲁为云南王。继任阿鲁的孛罗是忽哥赤之子也先帖木儿的幼子。至此，莅视云南的出镇宗王重新由忽哥赤系来担当。这时候云南王的王府大概已设在中庆（治今云南昆明）。孛罗何时由云南王晋封梁王不详。元末的梁王也可能是云南民间对云南的俗称。
1350年代后，元朝统治被红巾军起义后形成的几个农民政权严重削弱。至正二十三年（1263），建立夏政权于四川的明玉珍遣兵攻滇。梁王从中庆退至威楚（治今云南楚雄），向当时的大理总管段功求援。段功领兵东驰，与明玉珍军转战于从吕阁（在今云南南华）到古田（在今云南寻甸）的广阔地域，屡败之。段功在夏军中劫得明玉珍母亲写给儿子的家书，乃模仿明母笔迹伪造一封家书，命入滇兵马“蚤归”。夏军遂退兵四川，临行大呼“待明年来复仇”。段功追至七星关（在今贵州赫章东北），大胜而还。
第八章
为报答段功出兵求助，梁王以女儿阿公主嫁之，并奏请朝廷授段功为云南行省平章。这位大理总管贪恋新欢，留在中庆城里迟迟不肯西归。他的正夫人高氏从大理寄给他一首词说：风卷残云，九霄冉冉逐。龙池无偶，水云一片绿。寂寞倚屏帏，春雨纷纷促。蜀锦半闲，鸳鸯独宿。好语我将军：只恐乐极生悲，冤鬼哭。
段功乃归大理，但不久他又重返中庆。梁王受谗人挑唆，开始怀疑他有“吞金马、咽碧鸡”（金马、碧鸡是中庆远郊的山名）之心，于是密召阿公主曰：“亲莫若父母，宝莫若社稷。现在段功不灭我不肯甘休。你失去他，还可以再嫁其他高官以保富贵。现在给你一副孔雀胆，可以找机会毒死他。”阿褴把此事告诉段功，表示愿与段功一起西归大理。段功却不肯相信，说：“我对你们家有功。我脚趾伤，你父亲还亲自为我裹扎。你为什么要这样骗我？”
虽经阿三谏，段功终不悟，遂于1366年被梁王设计杀害在通济桥（在今昆明市内）。阿闻讯，欲自尽以示“不负信黄泉”，因梁王看管深严，不克遂愿。据说她曾经写诗明志云：“吾家住在雁门深，一片闲云到滇海。心悬明月照青天，青天不语今三载。欲随明月到苍山，误我一生踏里彩（里彩指彩缎被褥）。吐噜吐噜（意谓无知，或云可惜意）段阿奴（公主称段功为阿奴），施宗施秀（指与段功前后死去的两个大理人）同奴歹（歹意即死去）。云片波磷不见人，押不芦花（此处作西域传入的起死回生药解）颜色改。肉屏独坐细思量（肉屏原指骆驼，此处疑为玉屏的谐音，指昆明近郊的玉案山），西山铁立（指昆明西郊的西山松林）霜潇洒。”诗写得不算好，却充分反映了阿思念段功的真情实意。权力倾轧无情地粉碎了骨肉之爱，只留下受害者的哀吟让后人凭吊。
梁王害死段功后，先后七次派人暗杀段功子段宝，都没有成功。1367年西攻大理，不克制胜，乃在大理土官杨宝调解下与段氏勉强和解。1368年，元顺帝被明朝军队侵逼，退出大都。段氏与梁王虽各守其土，但都奉北元为正朔。此后明氏夏政权曾再度南侵鄯阐境。梁王“奉金印玉书”向大理借兵，被段功子段宝拒绝。段宝致梁王诗有“自从界限鸿沟后，成败兴衰不属吾”之句。
明洪武四年（1371），割据四川的明升（明玉珍子）政权亡。明廷派王祎（即明初修《元史》的主编之一）谕梁王归附。梁王犹疑两年多，杀王祎拒降。洪武十四年（1381）秋，明军30万，由傅友德、蓝玉、沐英率领，一路由永宁（治今四川叙永西南）经由滇东北南下，主力从湖南穿越贵州境，渡北盘江至石城（今云南曲靖），向西进逼中庆。双方会战于坂桥（在今云南昆明东），梁王把匝剌瓦尔密溃败，弃中庆城遁走。明军出师不满百日，克云南首府。十五年（1382）初，威楚降；梁王眼看大势已去，在晋宁（在今云南晋宁西晋城）投滇池自尽。
在大理，段宝死于1370年，子明嗣。明军进征云南前后，段明死，由叔父段世权国事。洪武十五年明军至威楚，段世遣使致书，请依“唐、宋故事”，奉正朔、修岁贡，在大理保持相对独立的段氏政权。明军不许，进灭大理。
至此，元朝对云南的统治，在它的中央政府退出大都十三年后，终于完全结束。段宝的二孙，被朱元璋派到西北卫所做军官。据说甘肃永昌曾有大官庙、小官庙，就是祀奉他们两人的。“汉佛”入滇云南一向是中国历史上民族分布最复杂的地区。大体上讲，说壮侗语的部族集团自东向西，说藏缅语的部族集团从北到南，苗瑶语集团从东北向西南，古代还有说孟—高棉语的部族集团由西南向东北，交叉、重叠地分布在这块多高山峡谷、盆地零碎的亚热带土地上。除平面上的交叉分布外，不同的种落集团往往还因相对海拔高度和自然条件的差异，在同一地区内形成水田稻作、旱地农作和山地畜牧等经济形态各异的立体分布的部族文化。在古代，这里的有些部落与汉族之间需要经过“重译”（即不止一次的翻译），才能互相沟通。
自两汉以来，汉民族人口也曾不断迁入云南，两晋时代“南中”著名的痞氏，就是汉代迁到那里的汉族大姓。随着后来的战争和长期隔绝状态的发生，人口数量上占据劣势的汉族逐渐融合在当地土著居民中，但同时也毕竟把一部分汉文化传播到所在地区。南诏国建立以前，洱海周围的白蛮中，有杨、李、赵、董等大姓，可见汉族的姓氏已进入一部分讲彝语的部落民中间，汉文在南诏的乌蛮与白蛮上层似乎已是一种通用的文字。研习汉文无法与学讲汉语的过程完全割裂。所以，要说在南诏和大理的上层集团中流行双语制，大概没有太大的问题。汉语和汉文又将一部分汉文化中的文物制度带入云南，因此有人说，大理国时期，“宫室、楼观、言语、书数，以至冠婚丧祭之礼，干戈战阵之法，虽不能尽善尽美，其规模、服色、动作，云为略本于汉”。
汉文化对元代云南的影响，由于此疆彼界的消除和长期和平环境的滋育，在规模上远远超过了前代。如果说从后唐到南宋，“中国相寻于干戈，独云南一隅享太平者三百余载”，这是以洱海和滇池两个地区为中心的云南文化进一步整合为一体的时期。那么元代开启了云南与中国内地大面积经济文化交流和整合的崭新时期。官僚、兵士（很多变成屯田的农民）、商人、宗教人士、手艺人，从来没有这么多的内地居民到这里长期生活，甚至就定居在那里。因《大理行纪》而闻名的郭松年当时就意识到，云南被纳入统一的全国政权之中，将会对它的经济文化繁荣产生巨大的推进作用。他在中庆筇竹寺中写的一首诗说：“南来作使驻征鞍，风景还惊入画看。梵宇云埋筇竹老（筇竹寺在玉案山上，故云），滇池霜浸碧鸡寒。兵威此日虽同轨，文德他年见舞干。北望乌台（指御史台）犹万里，几回挥泪惜凋残。”
云南与内地的交通条件，在元代获得很大的改善。元以前，北方与云南之间最主要的通道，就是忽必烈征大理时走的“忒剌道”。即从临夏向南到今甘肃迭部，再一直往南偏西穿越东部藏区至理塘，进入今云南丽江地区。元置云南行省，政治中心从大理东移中庆，遂逐渐建立以今昆明为中心的辐射状交通体系，先后接通与四川、湖广等省的驿道。从省治东北行，一路往乌蒙山区出省，可至四川叙州（今四川宜宾），一路取道曲靖、乌撒（今云南威宁）出省，可至四川永宁、纳溪。自中庆出发，还有一条驿路北达川陕地区。其路经武定向北，贯穿罗罗斯部居地（在今四川凉山和西昌），经大渡河至黎州（今四川汉源北）、雅州（今四川雅安），与成都陆路通。不过这条道路“烟瘴生发，所过使臣艰难，人马死损”，所以使用率或许不高。至元末，在中庆至曲靖、普安的站道以东又加设四站，贯穿罗殿及其以东的八番顺元地区（两地分别在今贵州的西部和中部），达于黄平（在今贵州）、镇远（在今贵州），而与湖广行省的驿道干线沟通，经辰州（今湖南芷江）、沅州（今湖南沅陵）北趋。这条路“山势少通，道径平稳，又系出马去处”，日益成为云南与内地相联系的交通要道之一，后来明军主力入滇，所循即此线路。此外，由东南出省至湖广南部（今广西地区），由东北出省至亦奚不薛（彝语。意为“水西”，指今鸭池河以西地），也都有驿道相联。
古代司塾元代开省云南的第一任长官赛典赤瞻思丁，在推进云南的经济、文化发展方面起了非常积极的作用。当时云南各地种植的水稻，主要是糯稻，很多地方没有粳稻；当地虽有桑麻，但因“未得其法”，也不能获得充分的收益。这时候粳稻种植的推广和桑麻技术的改进，对改善民众的吃、穿两件大事，当然有很重要的意义。赛典赤以漏籍民户组织民屯。以官给田补充民间私有田的不足。参加民屯的农户共14000多户，在中庆地区的有4000户，垦田8万亩。滇池出水道淤塞，“夏潦暴至，必冒城郭”，造成水患。赛典赤命张立道疏通滇池下游泄洪道；浚修滇池以北的盘龙江，减轻滇池蓄纳北部山水的负担；又在滇池周围灌区浚沟造坝，改善了数十万亩农田的灌溉条件。
文献还记录了赛典赤确立云南赋税体系的经过。赛典赤问来访的“夷”民：“我想以土田招你们分种，要借给你们耕牛粮种、耒耜蓑笠之具。估计一亩可以收多少？”回答可收二石。他又问：“能给官府缴纳多少？”答曰一半。赛典赤说：“太重，以后将不能承受这样的负担。要是今后不再借牛、种和耒耜之具给你们，牛死了要买牛，农具坏了要修理，一家衣食所须。收成的一半怎么能够供给？”“夷”人答曰：“那么就以三分之一缴官。”赛典赤说：“你们虽然能缴得起，只怕你们的子孙会缴不起。今后继我上任的人，一定要你们缴满这个数目，那就上下之间互相敌恶了。我与你们相约，你们不要违反我，一亩缴纳二斗，千万不要拖欠！”民情大悦。有人问：“地租很轻，就是路太远，无法运来完纳，怎么办？”赛典赤调查了各人所在地区的物产之宜。规定宜产马处则缴马，宜产牛处则缴牛，都与租米之价值相当。不产马牛之地则缴银。明初转录这件事的作者接着说：“今之粮折牛马、粮折银是也。”据《元史》，赛典赤死后，忽必烈“诏云南省臣尽守赛典赤成规，不得辄改”。看来这条诏令终元之世都在实行。
入元以前，云南的汉文化虽然已有一定范围的传播，但比较受到重视的是在器用服食、辞章文彩方面。当地最受人尊崇的汉族人物，是书法家王羲之。他们不大知道孔子，而把“王少逸”（即王羲之）当做“先师”来祀奉。云南建省后，元政府命令各地官府设立儒学孔庙。当地人自此知道崇拜孔子，把他看做“汉佛”。当时在一般民众中间，男女往往自相配偶。父母亲人死后就用火葬，没有什么丧祭。跟孔孟之学一道传入云南的，有所谓“拜跪之节，婚姻行媒。死者为之棺椁奠祭”。这一套礼仪，今天看起来当然有很多消极的成分，但在当时却是催化一个文化共同体的感性经验和共同心理意识的必要符号体系。
至元十一年，赛典赤抵云南当年，即在中庆、大理两路设儒学提举。中庆首建文庙，岁祀于春秋二季的第一个丁日，招收学生入儒学研习。十九年，云南诸路普遍建学立庙，“以祀先圣”。由于这一批学校的建立，使云南诸生有可能比较系统地研读儒家经典。这对于改变云南先前以儒附释的“儒释”或者“释儒”文化，是一个很大的推动。
店，在今甘肃礼县）、松潘迭宕威茂州宣抚司（在今甘南川北）等地面。
吐蕃等路宣慰使司都元帅府的辖境，主要是朵甘思（mdo-khams）之地，即今川西理塘、甘孜等地区，所以简称朵甘思宣慰司。khams今译“康”，就是“西康”、“甘孜”等地名的来源。其下辖机构有朵甘思都元帅府，碉门（在今四川天全）、鱼通（在今四川康定）等处安抚使司，朵甘思、哈答（在今四川泰宁）、李唐（今四川理塘）、鱼通等处钱粮总管府：还有刺马儿刚招讨司，奔不招讨司，奔不儿亦思刚，亦思马儿甘万户府等。“刚”、“甘”都是藏语sgang音译，意即山岗。吐蕃古史有“朵甘思六岗”，剌马儿刚等地或即六岗地面之所在。
乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府，所辖为吐蕃本部的前、后藏和阿里地区，简称乌思藏宣慰司。乌思即藏语dbus的音译，指前藏；藏即gtsang的音译，指后藏；纳里速古鲁孙藏文作mngah-risskor-gsum，意即“阿里三围”，大概是一个很古老的地名，原指朗达玛系三王子在今西藏西部阿里地区建立的三个小王国。当时前藏的首府是拉萨，后藏的首府则是萨斯迦。
吐蕃本部的僧俗居民，约在1260年末完成括户之后被编为十三个万户。以后地方上的户口迭有变动，万户的设置也必然有增减调整。但“十三万户”却成了表示藏地居民的固定名词。汉文和藏文文献提到的乌思藏万户的数目要多于十三个，它们中间有：“沙鲁田地里管民万户”，在今日喀则南的霞炉地方；“出密万户”，在今日喀则西南曲弥；“加麻瓦万户”和“札由瓦万户”，分别在今墨竹工卡西南的甲马和隆子东南的加玉；“拉兑洛万户”和“拉兑绛万户”，分别在“拉兑”（lja-stod，即后藏西部）的南（lho）、北（byang）地区，即今定日、昂仁；“羊出万户”，在前后藏之间今羊卓雍湖一带。
又有“搽里八田地里管民万户”，即设立在搽里八派控制地区的万户；“迷儿军万户府”，即元代几次武装反抗朝廷的必里公教派所在地区万户；“思答笼剌万户”，“伯木古鲁万户”，“牙里不藏思八万户”，“绛出万户”（在今日喀则东北香曲河流域），则分别是置于思答笼派、伯木古鲁派、牙不藏派、香巴噶举派势力范围内的万户；“乌思藏田地里管民万户”，可能是由萨斯迦法王直属地区内的僧俗人口组成的。
此外还有一些万户情况不详，如“嗸笼答刺万户”。
上述这些万户大体可以归为两大类。一类是设置在各教派势力所在地区的万户组织，万户长的职位往往控制在各教派法王所从出的那些家族手里。另一类万户中不存在一个占绝对优势的政教合一的权力，因此在性质上也更接近于地域性的行政组织。
现在可以知道的万户，几乎全都分布在乌思、藏即前、后藏地区，“纳里三围”即阿里地区与乌思藏同时被元政府括户，似乎也应当有万户或者千户的建制。详细情况还有待进一步的研究。
十三万户所统辖的藏地民户，分为两大类。一类是寺属民户，另一类是一般民户，藏语分别称为拉德（lha-sde）和米德（mi-sde）。据藏文史籍，元代在藏地设置万户时，以六千户为拉德，四千户为米德。这就是说，当时人口的十分之六隶属于寺院，向其所属寺院负担封建义务；总人口的十分之四是一般民户，要承当政府摊派的各种赋役。拉德和米德中的绝大多数直接生产者，都是寺院或者世俗领主的世袭农奴。前后藏所设万户的一般民户总数在34000户左右，按它占总户数4／10的比例推算，则元代乌思藏地区的民户总数，至少应当在八九万之间。
从行政体制上看，乌思藏宣慰司与朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司是平级并行的行政建制。但因为乌思藏宣慰司所管地面是吐蕃本部，宣慰司最高长官一职在元前期和中叶又长期在帝师萨斯迦法王所自出的款氏家族控制下，所以这一道宣慰司的地位看起来就好像有一点特殊。
藏文史籍明确地载录了首任乌思藏三路军民万户释迦藏卜的这个职衔，“三路军民万户”采用的是对汉字逐个音译的形式，作zam-klu-gun-mindben-hu。这个机构后来改称宣慰司，藏文同样采取音译，写作swon-we-se（“宣慰司”）。与此同时，从释迦藏卜开始，藏文史料又相当完整地记录了统治吐蕃本部的历任长官，他们都有“本禅”（dpon-chen，dpon译言“官人”，chen即“大”。这个词也被译作“本钦”）的官号。它的意思即“大官人”。本禅的官名未见于元以前的吐蕃当地官制中。它既然始于元代，就很像是蒙语“也客那颜”（“大官人”）的对译词，用来指称中央政府所属各官僚机构中为首的长官，如宣政院（藏文译写作son-bying-dben）的院使，藏文就写作rtsa-bahidpon-chen；以至治理吐蕃的内地中央王朝本身，也可以被叫做“本巴”（dpon-pa，即“官家”或“官人”）。本禅和本巴的官号或者特指名称，表明了从元朝开始内地中央政府在藏域所享有的政治权威。
那么，此种受中央政府任命统治藏地的历任本禅，与乌思藏宣慰司乃至其他两道宣慰司，究竟是什么样的关系呢？对这个问题，目前存在两种不同的看法。一种看法认为，本禅就是对乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的长官，即五名宣慰使中为首的那名宣慰使的别称。很可能蒙古人把这个为首的宣慰使径称为该机构的“大官人”，经藏语移译，遂有本禅之名。所以本禅政权也就是乌思藏宣慰司。另一种看法，则以为元代西藏存在着一个高于二三道宣慰司的本禅政府，它才是藏地最高的地方政权。从目前的研究来看，前一种意见似乎更稳妥。
乌思藏宣慰司的首席宣慰使之职，长期为萨斯迦教派的座主款氏家族所垄断，所以它被称为“萨斯迦本禅”。萨斯迦法王与萨斯迦本禅互为奥援，形成藏地中部势力最大的一个政教权力中心。但是它在吐蕃之境并非没有挑战者。元朝前期，它的对手主要是必里公派。萨斯迦在朝廷支持下击败了必里公派。元朝后期，帕木竹巴的势力日盛，终于压倒萨斯迦，成为前后藏各教派事实上的盟主。
1280年的必里公之乱始于他们攻毁一个对立教派寺院的行动（1285）。据说他们取得了与“西蒙古”的诸王的联盟。这个西蒙古诸王当然不可能是这时已在西亚立国的旭烈兀系，而大概是察合台系的诸王都哇。在他们的支持下，必里公与萨斯迦的冲突逐渐尖锐，乌思藏驿道因此堵塞。1290年，藏地的混乱局面迫使元廷命镇西武靖王铁木儿不花率部进征，与萨斯迦本禅阿格伦朵儿只班合攻必里公和“西蒙古”诸王亦邻真的联军。必里公军大败，贡巴（必里公派行政和军事长官）和亦邻真被擒，教派主寺被焚毁。
除必里公以外，前藏较强大的教派还有帕木古鲁和搽里八。1320年，自赏竹监藏（又译绛求坚赞）就任帕木竹巴万户的长官后，该教派的势力迅速上升，于是成为前藏各教派反抗萨斯迦肆行威福的中坚。1329年，袭封白兰王的八思巴侄孙琐南藏卜巡行前藏，一直住到1333年仍不离去。前藏诸教派首领会商对策，想要求白兰王移驻别地。搽里八首领说：“我的地方处于关隘要地。担当不起，不敢禀告。”必里公法王因与萨斯迦早有仇隙，也不敢首先陈述，所以对赏竹监藏说：“您是萨斯迦的大弟子，您说为宜。”结果是赏竹监藏在白兰王面前首先发难。他愤懑难抑地对白兰王说：“先前承侍了四年，您尚不满足。现在前藏人已山穷水尽，无能为力了。若还不知足，我们前藏所有首领就都充任白兰王您本人的侍从……我们全体的人马都来服侍你。”这样才把白兰王强行送走。与此同时，帕木竹巴和搽里八、牙不藏、必里公各派间也因抢夺地面不断发生摩擦、争执，甚至战争。
错综复杂的利益冲突，导致萨斯迦本禅利用帕木竹巴和搽里八、牙不藏之间的矛盾，下令传讯赏竹监藏。后者抗命不从，终被本禅撤职拘禁。赏竹监藏从被羁押处逃脱，于是爆发了本禅率领的各万户与帕木竹巴之间的战争。赏竹监藏交战获胜，巩固了称霸前藏的优势。1350年初，赏竹监藏派人到大都，为自己对抗萨斯迦本禅辩护，并请求朝廷赐还被本禅褫夺的万户职权、减免一半赋役。元廷赐万户所佩银字圆符二枚，准予除驿站差发外减免一半赋役。接着赏竹监藏又乘萨斯迦内部发生帝师二子囚禁本禅加瓦藏卜的变乱，出兵后藏，占领萨斯迦寺。加瓦藏卜本禅被救出后，表示愿意奏请皇帝，举荐赏竹监藏作本禅。后者傲慢地回答：“较之本禅，还是我目前的万户长职务好。我起誓，我根本不羡慕本禅职务。”1357年，他又从朝廷求得“大司徒”的封号和印玺。
因此，从1350年起，萨斯迦本禅虽然仍旧存在，但统治前、后藏的实际权力，早已转移到不屑称本禅、宁愿自称“第悉”（sde-srid，译言“摄政”）的帕木竹巴派首领的手中。赏竹监藏在他的类似遗嘱的告后人书里说，“对待宣慰使司和各地大小首领，应像裁剪小孩的衣服一样临机处置”。乌思藏宣慰司在这个跋扈的“大司徒”眼中，已经完全没有什么权威可言了。
黄金家族曾按吐蕃佛教各派所统僧俗人户在各支成员间进行分封，由此与藏地人户结成领属与被领属的关系。这绝不是一般的“施主—福田”关系，而是按家产制的观念将藏地完全纳入元朝政治统治体系的一种方式。元代藏地的政教势力把元帝的“札撒”（圣旨）、宣政院的“札付”文书、朝廷颁发的金银字牌符和印章看做自己权力合法性的依据。他们要打倒敌对势力时，务求剥夺对方所有的这些权力象征。他们在与藏域的地方政权发生对抗时，往往要派人到朝廷为自己辩解，求得元廷对其行为的认可。直到元末，他们对中央政府承担的赋役和驿站差发，未经朝廷同意豁免，也不能擅自停止缴纳。“本禅”、“本巴”等词语的产生，有力地证明了内地中央王朝的政治权力及于藏域的事实在藏人政治观念中的反映。省政、王政与段氏大理“唐标铁柱，宋挥玉斧，元跨革囊。”
——昆明大观楼长联省政与王政并莅从8世纪中叶到13世纪中叶，云南先后被独立于中央王朝的区域性政权南诏和大理所统治。唐王朝曾遣使与南诏王会盟于点苍山（在今云南下关）下，并树立铁柱以为见证。北宋平灭蜀地后，统兵大将王全斌向宋太祖献图，建议乘胜进军云南。宋太祖用玉斧比划着舆图上的大渡河说：“此外非我有也。”云南“正朔不加，车书不一”，长达500多年。
根据云南地方史书，元与大理之间最早的直接军事冲突，发生在1244年。大理国权臣高禾（一作高和）领军，与从灵关（在今四川雅安西南）南下的一支蒙古偏师交战于大理北境，战死。近代在云南丽江九和里白王庙遗址发现的圮塔残砖，上刻“……兵到高逾城白王在阵亡……”“……追为高逾城和高福善及战亡……”等汉字和梵文咒语。这座白王塔，显然是为纪念阵亡的高禾建造的。
蒙哥即大汗位后，命忽必烈率兵进征南宋。忽必烈奏准蒙哥，先攻取大理，以迂回包抄南宋。1253年夏，他从漠北进抵六盘山驻牧；至秋，挥兵南下，由川西入滇，乘皮囊、木筏渡金沙江，直逼大理国首府大理城。所谓“元跨革囊”，即指此。大理国主段兴智和重臣高泰祥杀谕降使臣，迎战失利后，弃城东逃。不久，高泰祥被追兵擒获，处死前叹曰：“段运不回，天使其然。为臣陨首，吾事毕矣。”1254年初，忽必烈留大将兀良合台继续攻略未下诸地，自己由原路北返。秋，兀良合台克鄯阐（今云南昆明），追获段兴智。乌良合台转战云南各地再历两年，遂收服“大理五城、八府、四郡，洎乌、白等蛮三十七部”。段兴智被遣送到大汗处北觐。翌年献地图，“条奏治民立赋之法”。蒙哥许其仍用“摩诃罗嵯”（梵语，译言“大王”）的名号，管领云南诸部。
古代文人段氏灭国的最初20年间，元对云南实行的基本上是军事占领式的统治，大理国时代的行政地理概念仍得到保留。所谓“五城”，即洱海沿岸大理国的王畿内诸城；“八府四郡”都是王畿之外分封给权贵（主要是高氏）的行政区，主要分布在滇东和滇西北；“三十七部”则是散布在今滇池和抚仙湖周围广阔地带的各部族酋寨，其中的主要成分大概是乌蛮。按照蒙古人的概念，则当地云南包括了哈刺章、茶罕章、鸭赤、赤突哥儿和金齿等几大部分。作为专称，哈剌章指滇西的大理王畿或者大理城。蒙语哈刺译言黑，与哈剌相对的是茶罕，译言白。茶罕章指位于吐蕃与大理交界处的今云南丽江。两个名词中都有“章”，应当是蒙古人从吐蕃那里听来的他们对云南地区及其居民的称呼，因为吐蕃把南诏称为hjang。至于hjang的来源就更加古老了，它原先是吐蕃对南北朝时期南中著名统治家族痞氏的姓氏之音译。鸭赤指今昆明。这是蒙古人从云南地区最先归附他们的丽江“茶罕章”（纳西人）那里听来的。纳西语至今称昆明为yichi（纳西语南方的意思），因为它是纳西人居地南方的大城。赤秃哥儿是蒙语chitkcr的音译，意思是“鬼”。元代蒙古人用它指称滇东北和黔西地区以及居住在这里的乌蛮（罗罗斯）诸部。从宋代开始，这里就有一个著名的地域性部族集团“罗氏鬼国”（或称罗鬼）。蒙语的赤秃哥儿即对罗鬼之名的意译；再从蒙语倒译为汉语，遂产生了“鬼蛮”这样的名称。金齿“国名百夷”，指大理西部的傣语居民。上述五部分中间，最核心的地区是哈刺章和鸭赤。南诏、大理立国于滇西500年，哈剌章又是最重要的政治、经济和文化中心。所以这个名称亦可用来泛称整个云南。
忽必烈即位后，始而加强对云南的控制。中统年间先后置大理国总管（仍用段氏）、大理元帅府。至元四年（1267），封皇子忽哥赤为云南王，王府之外又置大理等处行六部，用云南王和行六部限制段氏的行政权力。朝中有人对于派忽哥赤到“荒服”之地表示担心。忽必烈说：“我实在很喜欢那里的风土。如果不是天命落在我的身上，我一定会请求把自己分封到那里去的。”忽哥赤莅镇云南不出四年，被都元帅宝合丁和行六部尚书兼王傅阔阔带合谋毒死。此后云南局面一直不稳。十一年（1274），元廷命赛典赤瞻思丁带中书省平章政事的相衔行省云南。元对云南的统治遂进入一个新的时期。
赛典赤祖先是中亚不花剌城（今译布哈拉）的贵族。他本人从侍奉成吉思汗起家，历仕诸汗，“功闻五朝”，积累了各方面的经验。回回人长于理财，他曾经是蒙哥得力的财政官僚。他也曾长期担任地方行政首脑，甚至还作为统军将领，在前线带兵与宋军对垒。忽必烈要找一个谨慎、宽厚的官员去“怀柔”云人，结果选中这个兼有治军和经济才干的全才型政治家。他确有知人善任的高明本领。
以赛典赤为首的新的统治云南的机构，没有设立在大理城，而建治于鄯阐。这不但摆脱了段氏对行省治政的干扰，而且反过来把世任大理总管的段氏的势力钳制在滇西，尤其是大理地区范围之内。因赛典赤的建议，元廷改变对云南实行军事占领式统治时期以当地首领充任万户、千户官员兼摄地方行政，军民不分治的局面，在各地遍置郡县。郡县行政官员均由朝廷委派。由于离开中央政府太远，元政府后来规定，三年一次遣使云南，会同行省首脑长官，就便委任或迁调六品以下官职，事后呈中书省追授。五品以上官员则仍需移咨中书省铨注。边远地区的土官有品秩但不入迁流，死后由其兄弟子侄袭职。为鼓励内地官员到云南任职，至元后期宣布，中书省直辖地区的官员迁调云南，可升二等任用，去极边重地任职甚至可升三等。在云南做吏员，出职进入流官行列也比内地容易一些。官员病死云南任上，可由政府提供驿站服务，归葬原乡。云南地方官本来有权擅决死罪，至元二十年诏，自后死刑判决仍须像其他地方一样，报中央政府审核。行省建立后，对云南的治理逐渐被纳入与元对其他省区的统治相一致的体系，虽然云南比在中原汉地罢世侯、军民分治、立迁转法晚了十多年。
除行政建置方面的大规模调整，赛典赤在云南的治绩，在纪念他的“德政碑”里被概括为：“省徭役，招散亡，恤鳏寡，兴儒教，备水抗旱灾，礼接贤士。削去冗官，建屯田，制楮币（发行纸币），设路食以待劳民，薄征税以广行旅。”元代云南社会，在建省后的二三十年，也就是赛典赤和他的儿子纳速刺丁、忽辛等在云南任职的时期最为繁荣安定。这表明赛典赤的上述治滇方针是收到了一定程度的实效的。
元成宗以后，元朝封在云南的出镇宗王势力渐大，世袭大理总管的段氏也羽翼再丰。双方“一恃宗亲，一恃故物”，因两不相下而交恶，同时又都对行省形成牵制。三种政治势力间错综复杂的关系，逐渐把云南统治当局的内部矛盾推向尖锐。
赛典赤入滇时，有“宗王脱忽鲁方镇云南”。至元十七年（1280），即赛典赤死于云南任上的次年，被毒杀的忽哥赤之子也先帖木儿得袭封云南王。至元二十七年，忽必烈复以皇孙甘麻剌（真金子）为梁王，镇鄯阐，地位在建藩哈刺章的云南王之上。二十九年，甘麻刺徙封晋王，移镇漠北。次年，其子松山袭封梁王。至大元年（1308）初，也先帖木儿从二字王进封为一字营王，离开云南。武宗怕梁王势大难制，以其“有风疾”将他召回，另任诸王老的（忽必烈第七子奥鲁赤之子）代镇，仍封云南王。老的出镇不久，就想把势力伸向大理总管段光控制下的滇西。至大二年，双方的冲突发展到以刀兵相见，段光战败。他惧梁王遣兵西袭，派高蓬守重镇罗那关（在今云南牟定西）。梁王想收买高蓬，高蓬写诗回绝。诗云：“寄语下番梁王翁，檄书何苦招高蓬。身为五岳嵩山主，智过六尺缩地公。铁甲铁盔持铁槊，花鞍花索驭花聪。但挥眼前黄石阵，击破孤云几万重。”梁王乃重赂高蓬的厨人刺蓬。厨人以蓬首出献，梁王杀之以自解。
七年之后，老的北觐仁宗，未详以后他是否返回云南。我们只知道英宗（1320）即位后，又把云南王转封给松山的儿子王禅。松山和继承英宗皇位的泰定帝同为甘麻剌之子。所以泰定帝一即位（1323），就把王禅由云南王晋封为梁王，又以王禅子帖木儿不花袭封云南王。
泰定帝死后，王禅和帖木儿不花都支持他的儿子阿刺吉八即位，成为上都集团对大都派发动汗位继承战争的中坚。上都战败，王禅赐死，甘麻刺系在云南的势力瓦解。由于两都之战的战场在北方，云南本地未受其害。但在紧接着发生明宗（和世）被文宗（图帖睦尔）集团毒死的事件后，驻扎在云南的效忠于明宗的诸王秃坚等终于由观望和消极抗命的立场转而公开称兵，史称“秃坚之乱”。从至顺元年（1330）正月到翌年夏初，战火弥漫整个滇东北。在此之前，云南无战事已历半个世纪之久。变起仓卒，人心危惧。元廷先后调四川、江浙、河南、江西、陕西、朵甘思、朵思麻等处军队平乱。云南社会经济因此遭受不小的破坏。
元统二年（1334），元廷又封阿鲁为云南王。继任阿鲁的孛罗是忽哥赤之子也先帖木儿的幼子。至此，莅视云南的出镇宗王重新由忽哥赤系来担当。这时候云南王的王府大概已设在中庆（治今云南昆明）。孛罗何时由云南王晋封梁王不详。元末的梁王也可能是云南民间对云南的俗称。
1350年代后，元朝统治被红巾军起义后形成的几个农民政权严重削弱。至正二十三年（1263），建立夏政权于四川的明玉珍遣兵攻滇。梁王从中庆退至威楚（治今云南楚雄），向当时的大理总管段功求援。段功领兵东驰，与明玉珍军转战于从吕阁（在今云南南华）到古田（在今云南寻甸）的广阔地域，屡败之。段功在夏军中劫得明玉珍母亲写给儿子的家书，乃模仿明母笔迹伪造一封家书，命入滇兵马“蚤归”。夏军遂退兵四川，临行大呼“待明年来复仇”。段功追至七星关（在今贵州赫章东北），大胜而还。
第八章
为报答段功出兵求助，梁王以女儿阿公主嫁之，并奏请朝廷授段功为云南行省平章。这位大理总管贪恋新欢，留在中庆城里迟迟不肯西归。他的正夫人高氏从大理寄给他一首词说：风卷残云，九霄冉冉逐。龙池无偶，水云一片绿。寂寞倚屏帏，春雨纷纷促。蜀锦半闲，鸳鸯独宿。好语我将军：只恐乐极生悲，冤鬼哭。
段功乃归大理，但不久他又重返中庆。梁王受谗人挑唆，开始怀疑他有“吞金马、咽碧鸡”（金马、碧鸡是中庆远郊的山名）之心，于是密召阿公主曰：“亲莫若父母，宝莫若社稷。现在段功不灭我不肯甘休。你失去他，还可以再嫁其他高官以保富贵。现在给你一副孔雀胆，可以找机会毒死他。”阿褴把此事告诉段功，表示愿与段功一起西归大理。段功却不肯相信，说：“我对你们家有功。我脚趾伤，你父亲还亲自为我裹扎。你为什么要这样骗我？”
虽经阿三谏，段功终不悟，遂于1366年被梁王设计杀害在通济桥（在今昆明市内）。阿闻讯，欲自尽以示“不负信黄泉”，因梁王看管深严，不克遂愿。据说她曾经写诗明志云：“吾家住在雁门深，一片闲云到滇海。心悬明月照青天，青天不语今三载。欲随明月到苍山，误我一生踏里彩（里彩指彩缎被褥）。吐噜吐噜（意谓无知，或云可惜意）段阿奴（公主称段功为阿奴），施宗施秀（指与段功前后死去的两个大理人）同奴歹（歹意即死去）。云片波磷不见人，押不芦花（此处作西域传入的起死回生药解）颜色改。肉屏独坐细思量（肉屏原指骆驼，此处疑为玉屏的谐音，指昆明近郊的玉案山），西山铁立（指昆明西郊的西山松林）霜潇洒。”诗写得不算好，却充分反映了阿思念段功的真情实意。权力倾轧无情地粉碎了骨肉之爱，只留下受害者的哀吟让后人凭吊。
梁王害死段功后，先后七次派人暗杀段功子段宝，都没有成功。1367年西攻大理，不克制胜，乃在大理土官杨宝调解下与段氏勉强和解。1368年，元顺帝被明朝军队侵逼，退出大都。段氏与梁王虽各守其土，但都奉北元为正朔。此后明氏夏政权曾再度南侵鄯阐境。梁王“奉金印玉书”向大理借兵，被段功子段宝拒绝。段宝致梁王诗有“自从界限鸿沟后，成败兴衰不属吾”之句。
明洪武四年（1371），割据四川的明升（明玉珍子）政权亡。明廷派王祎（即明初修《元史》的主编之一）谕梁王归附。梁王犹疑两年多，杀王祎拒降。洪武十四年（1381）秋，明军30万，由傅友德、蓝玉、沐英率领，一路由永宁（治今四川叙永西南）经由滇东北南下，主力从湖南穿越贵州境，渡北盘江至石城（今云南曲靖），向西进逼中庆。双方会战于坂桥（在今云南昆明东），梁王把匝剌瓦尔密溃败，弃中庆城遁走。明军出师不满百日，克云南首府。十五年（1382）初，威楚降；梁王眼看大势已去，在晋宁（在今云南晋宁西晋城）投滇池自尽。
在大理，段宝死于1370年，子明嗣。明军进征云南前后，段明死，由叔父段世权国事。洪武十五年明军至威楚，段世遣使致书，请依“唐、宋故事”，奉正朔、修岁贡，在大理保持相对独立的段氏政权。明军不许，进灭大理。
至此，元朝对云南的统治，在它的中央政府退出大都十三年后，终于完全结束。段宝的二孙，被朱元璋派到西北卫所做军官。据说甘肃永昌曾有大官庙、小官庙，就是祀奉他们两人的。“汉佛”入滇云南一向是中国历史上民族分布最复杂的地区。大体上讲，说壮侗语的部族集团自东向西，说藏缅语的部族集团从北到南，苗瑶语集团从东北向西南，古代还有说孟—高棉语的部族集团由西南向东北，交叉、重叠地分布在这块多高山峡谷、盆地零碎的亚热带土地上。除平面上的交叉分布外，不同的种落集团往往还因相对海拔高度和自然条件的差异，在同一地区内形成水田稻作、旱地农作和山地畜牧等经济形态各异的立体分布的部族文化。在古代，这里的有些部落与汉族之间需要经过“重译”（即不止一次的翻译），才能互相沟通。
自两汉以来，汉民族人口也曾不断迁入云南，两晋时代“南中”著名的痞氏，就是汉代迁到那里的汉族大姓。随着后来的战争和长期隔绝状态的发生，人口数量上占据劣势的汉族逐渐融合在当地土著居民中，但同时也毕竟把一部分汉文化传播到所在地区。南诏国建立以前，洱海周围的白蛮中，有杨、李、赵、董等大姓，可见汉族的姓氏已进入一部分讲彝语的部落民中间，汉文在南诏的乌蛮与白蛮上层似乎已是一种通用的文字。研习汉文无法与学讲汉语的过程完全割裂。所以，要说在南诏和大理的上层集团中流行双语制，大概没有太大的问题。汉语和汉文又将一部分汉文化中的文物制度带入云南，因此有人说，大理国时期，“宫室、楼观、言语、书数，以至冠婚丧祭之礼，干戈战阵之法，虽不能尽善尽美，其规模、服色、动作，云为略本于汉”。
汉文化对元代云南的影响，由于此疆彼界的消除和长期和平环境的滋育，在规模上远远超过了前代。如果说从后唐到南宋，“中国相寻于干戈，独云南一隅享太平者三百余载”，这是以洱海和滇池两个地区为中心的云南文化进一步整合为一体的时期。那么元代开启了云南与中国内地大面积经济文化交流和整合的崭新时期。官僚、兵士（很多变成屯田的农民）、商人、宗教人士、手艺人，从来没有这么多的内地居民到这里长期生活，甚至就定居在那里。因《大理行纪》而闻名的郭松年当时就意识到，云南被纳入统一的全国政权之中，将会对它的经济文化繁荣产生巨大的推进作用。他在中庆筇竹寺中写的一首诗说：“南来作使驻征鞍，风景还惊入画看。梵宇云埋筇竹老（筇竹寺在玉案山上，故云），滇池霜浸碧鸡寒。兵威此日虽同轨，文德他年见舞干。北望乌台（指御史台）犹万里，几回挥泪惜凋残。”
云南与内地的交通条件，在元代获得很大的改善。元以前，北方与云南之间最主要的通道，就是忽必烈征大理时走的“忒剌道”。即从临夏向南到今甘肃迭部，再一直往南偏西穿越东部藏区至理塘，进入今云南丽江地区。元置云南行省，政治中心从大理东移中庆，遂逐渐建立以今昆明为中心的辐射状交通体系，先后接通与四川、湖广等省的驿道。从省治东北行，一路往乌蒙山区出省，可至四川叙州（今四川宜宾），一路取道曲靖、乌撒（今云南威宁）出省，可至四川永宁、纳溪。自中庆出发，还有一条驿路北达川陕地区。其路经武定向北，贯穿罗罗斯部居地（在今四川凉山和西昌），经大渡河至黎州（今四川汉源北）、雅州（今四川雅安），与成都陆路通。不过这条道路“烟瘴生发，所过使臣艰难，人马死损”，所以使用率或许不高。至元末，在中庆至曲靖、普安的站道以东又加设四站，贯穿罗殿及其以东的八番顺元地区（两地分别在今贵州的西部和中部），达于黄平（在今贵州）、镇远（在今贵州），而与湖广行省的驿道干线沟通，经辰州（今湖南芷江）、沅州（今湖南沅陵）北趋。这条路“山势少通，道径平稳，又系出马去处”，日益成为云南与内地相联系的交通要道之一，后来明军主力入滇，所循即此线路。此外，由东南出省至湖广南部（今广西地区），由东北出省至亦奚不薛（彝语。意为“水西”，指今鸭池河以西地），也都有驿道相联。
古代司塾元代开省云南的第一任长官赛典赤瞻思丁，在推进云南的经济、文化发展方面起了非常积极的作用。当时云南各地种植的水稻，主要是糯稻，很多地方没有粳稻；当地虽有桑麻，但因“未得其法”，也不能获得充分的收益。这时候粳稻种植的推广和桑麻技术的改进，对改善民众的吃、穿两件大事，当然有很重要的意义。赛典赤以漏籍民户组织民屯。以官给田补充民间私有田的不足。参加民屯的农户共14000多户，在中庆地区的有4000户，垦田8万亩。滇池出水道淤塞，“夏潦暴至，必冒城郭”，造成水患。赛典赤命张立道疏通滇池下游泄洪道；浚修滇池以北的盘龙江，减轻滇池蓄纳北部山水的负担；又在滇池周围灌区浚沟造坝，改善了数十万亩农田的灌溉条件。
文献还记录了赛典赤确立云南赋税体系的经过。赛典赤问来访的“夷”民：“我想以土田招你们分种，要借给你们耕牛粮种、耒耜蓑笠之具。估计一亩可以收多少？”回答可收二石。他又问：“能给官府缴纳多少？”答曰一半。赛典赤说：“太重，以后将不能承受这样的负担。要是今后不再借牛、种和耒耜之具给你们，牛死了要买牛，农具坏了要修理，一家衣食所须。收成的一半怎么能够供给？”“夷”人答曰：“那么就以三分之一缴官。”赛典赤说：“你们虽然能缴得起，只怕你们的子孙会缴不起。今后继我上任的人，一定要你们缴满这个数目，那就上下之间互相敌恶了。我与你们相约，你们不要违反我，一亩缴纳二斗，千万不要拖欠！”民情大悦。有人问：“地租很轻，就是路太远，无法运来完纳，怎么办？”赛典赤调查了各人所在地区的物产之宜。规定宜产马处则缴马，宜产牛处则缴牛，都与租米之价值相当。不产马牛之地则缴银。明初转录这件事的作者接着说：“今之粮折牛马、粮折银是也。”据《元史》，赛典赤死后，忽必烈“诏云南省臣尽守赛典赤成规，不得辄改”。看来这条诏令终元之世都在实行。
入元以前，云南的汉文化虽然已有一定范围的传播，但比较受到重视的是在器用服食、辞章文彩方面。当地最受人尊崇的汉族人物，是书法家王羲之。他们不大知道孔子，而把“王少逸”（即王羲之）当做“先师”来祀奉。云南建省后，元政府命令各地官府设立儒学孔庙。当地人自此知道崇拜孔子，把他看做“汉佛”。当时在一般民众中间，男女往往自相配偶。父母亲人死后就用火葬，没有什么丧祭。跟孔孟之学一道传入云南的，有所谓“拜跪之节，婚姻行媒。死者为之棺椁奠祭”。这一套礼仪，今天看起来当然有很多消极的成分，但在当时却是催化一个文化共同体的感性经验和共同心理意识的必要符号体系。
至元十一年，赛典赤抵云南当年，即在中庆、大理两路设儒学提举。中庆首建文庙，岁祀于春秋二季的第一个丁日，招收学生入儒学研习。十九年，云南诸路普遍建学立庙，“以祀先圣”。由于这一批学校的建立，使云南诸生有可能比较系统地研读儒家经典。这对于改变云南先前以儒附释的“儒释”或者“释儒”文化，是一个很大的推动。