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大臣们意料之外，不免有自以为是的思想。臣下救过不暇，进谗言的人借此进行离间，猜忌臣下的事端于是由此兴起。皇上如果只仗着自己的聪明办事，使臣下无自己的忠心，那么皇上的耳目不免有时要壅闭的；只仗着自己的英明决断办事，使大夫、国人都不能认定自己的意见，那么皇上的意见不免有时与实际不符。刚刚还对一个大臣传旨贬处，把他的奏章压在宫中，为什么不几天又高兴地对他加以隆重起用呢？几十年来，因为门户之争朝廷杀了天下多少正人君子，现在还要蔓延不已。陛下如果想打击君子来平息小人们的怨气，任用小人之私来彰明君子的公德的话，过去的覆辙就会再现于天下。
“陛下求取太平的心操之太急，慢慢地滋生了功利之心，功利之心不止，又转而使用刑名之术；刑名之术不止，又流变为猜忌臣下；不断地猜忌臣下，就慢慢地积为壅蔽，不解下情了，这正是人心中危险的正在潜滋暗长而不自知的因素。陛下假如能平心静气，站在中间立场看看两头，不做声地纠正这些错误思想，使自己思想方面所表现出的都是仁义的成份，用仁爱来化育天下，用道义来纠正万民的思想行为，从朝廷扩展到四海，到处都看得到仁义教化，那么陛下可以说一日之间就成了尧、舜一样的圣人。”
庄烈帝认为这些话迂腐、阔略，不敷实用，但对他的忠诚深表赞叹。
不多久，都城受到围攻，庄烈帝没有上朝，大臣的章奏多被扣在宫中，不予答复，传一道圣旨要准备八百只布袋，宦官们争先恐后地进献骡马，又命令百官进献马匹。宗周说：“这一定是有人用迁移的主张说动了皇上。”于是他来到午门叩头谏言说：“国势的强弱全看人心的安危如何。请陛下出宫到皇极门来，召见百官，明确宣告我朝的宗庙、陵园都在这里，除固守京师而外没有别的打算。”宗周趴在地上等候回答，从清晨一直趴到黄昏时分，宦官出来传过圣旨才回去。当时米价飞涨，宗周请求罢免了京师九座城门的商税，修整商业网点，安置贫民，由官府煮粥养活老人和病人，严格推行保甲法，京师的人心才稍稍安定一些。
当时中央和政府的大臣很多人被关进了监狱，宗周上书说：“国事发展到这一步，这些大臣们负有责任，无法逃脱，陛下自己也应当分担些责任。过去夏禹、商汤逢灾罪己，他们的国家就得到勃兴。过去皇上老是因为一些事情而当面怀疑群臣，群臣都在怀疑之中，日积月累，结成了暗疾，有识之士为此忧心忡忡。现在陛下应当开示诚心，把这看成解救国难的根本，经常到便殿里去召见士大夫，把起草诏令的权力交给阁臣，把各项事务交给部、院去办，把政事的议决权交给言官，如果事情办不好，再另外安排人，不要束缚大臣的手脚促成他们的罪责。过去朝廷把文官像小鸡一样束缚着，把军队的武将当成了骄子，逐渐地形成恩威错置的局面。后来看文武百官都不值得信任，于是专门用那么一两个太监，京城外边一步步地安排了太监。自古以来没有让宦官领兵而不耽误国家大事的。”又弹劾了马世龙、张凤翼、吴阿衡等人的罪状，触犯了庄烈帝的意思。
三年，宗周因病在假，曾上过一篇关于祈求上天永保国运的道理，这篇奏疏说：
“取法上天最重要的事情莫过于重视人命，因而刑罚应适当应公平。陛下喜欢用重刑制约臣下，逆党要杀，封疆失事也要杀。一切错误，重的杖死，轻的贬出，朝署中一半人都沾了罪徒的边。不过最伤害国体的莫过于皇家监狱了。副都御史易应昌因为平反一事被打进监狱，法司总把拷问当成忠直，所以天下到处是些苍鹰乳虎。希望陛下体察上天好生之心，首先废除皇家监狱，并且宽恕易应昌。这是祈求上苍永保国运的一种办法。
“取法上天最重要的事情莫过于厚民生，因而赋税征收应当放宽期限，应当减轻。现在往年的拖欠要征收，还有来年的租税要预征。这样接连不断地追着收缴，乡村里贫困破产，贪吏更加成了百姓的大害。贵州巡按苏琰被监司揭发运送所谓的‘行李’，就是一个例子。抚抚贪图货财，更不必说下边的小吏了。吮吸百姓膏脂的贪官污吏，已经是遍布全国了。希望陛下体察上天好生之心，首先免除新饷，并且严厉整顿官方人员。这是祈求上苍永保国运的又一种办法。
“但是天子是上天的宗子，辅臣是宗子的家相，陛下设置辅臣，大多由自己特别选拔。我也希望他们体察陛下的好生之心，不要驱除异己，给朝臣制造大案，酿成国家朋党作奸的祸害；不要贪图宠利自以为成功，引导人主一味追求富国强兵，酿成国家土崩瓦解的危局。”
周延儒、温体仁看到奏疏不高兴了，就用当时正在求雨而宗周假称生病为由，把他指斥为傲慢，激起庄烈帝的怒火，然后起草了一篇圣旨质问他，并命令他讲一讲足兵、足饷的办法。宗周规划好了回奏上去，延儒、体仁无法争论了。
此后宗周在担任京尹时，政令一新，在打击豪强方面尤其坚定。宦官向他讲的事他一概不答应，有时宦官甚至还辱骂他，宗周却照原样治事，毫不妥协。武清侯家里的仆人殴打儒生，宗周把他痛打了一顿，给他戴上木枷送到武清侯家门外。有一次宗周外出看到戏子们携带的大竹箱，就把它在交通要道上给烧掉了。他对独户、下等贫困户的优恤却极周到。在位一年，宗周请病假还乡，京师的百姓为他罢市致意。
八年七月，内阁缺人，庄烈帝命令吏部推举在籍的大臣补缺，吏部把孙慎行、林轩及宗周三个人的名字报了上去。庄烈帝传令有关部门催促宗周入朝，宗周坚决推辞，庄烈帝不允许。宗周在第二年正月入都，慎行当时已经死去，宗周就和林轩两个入朝。庄烈帝问人才、兵食及流寇猖獗的事情。宗周说：“陛下追求太平的心思太急，用法太严，发布的政令太繁琐，对天下士人的任免太轻率。诸臣怕被问罪，一味掩饰过错，不肯尽心办好政事，因此有人但没有人才的用处，有饷但没有兵饷的用处，有将不能治兵，有兵不能杀贼。流寇本来是朝廷的赤子，招抚的办法恰当，他们就会还乡当他们的百姓。现在应该赶紧把收拾人心当成大本，收拾人心的办法首先是宽待地方官员。对地方官员的惩罚重，吏治就会败坏，吏治败坏民生就会困苦不堪，盗贼正是由于这个原因才越来越多。”庄烈帝又问他兵事，宗周说：“抵御外侮以治理好国内为基础。国内的政治治理好了，远方的敌寇自然会归顺。大禹为王时，朝廷干羽舞动有苗氏便被感化了。希望陛下运用尧舜那样的心肠，推行尧舜那样的政治，这样天下自然就太平了。”宗周回答完以后赶紧退了出去，庄烈帝回头对体仁讲，认为他的话迂腐，就让林轩辅政，宗周另派用场。不久宗周被授官工部左侍郎。过了一个月，宗周上了一篇痛愤时艰疏，其中讲道：
“陛下决心坚定地追求太平，可是二帝三王治理天下的办法却没有抽出时间来讲求，政治举措的先后次序还有很多不得要领的地方。陛下首先专注于边功，因而那罪大恶极的总督就进呈五年恢复失地的说法，这成为后来失事的祸胎。己巳年(1629)那些战役，大臣对国事的谋划不善，朝廷开始产生了轻视士大夫的心理。从此以后让近侍充当耳目，把心腹派到了大将身边，治国的方法崇尚刑名。政体趋于繁琐，天下事一天天败坏下去以致到了不可挽救的地步。东西厂和锦衣卫负责纠察，揭人隐私的风气盛行起来了，官僚士绅一经打入皇家监狱，朝廷里廉洁的操守就给磨灭了。人人救过不暇，欺君罔上的风习变得厉害了；事事取决于皇上独断，谄谀的风气就越来越得到滋长。法律不由刑部长官执行，犯法的人就越来越多。皇上自行颁发圣旨处理各色案件，每年亲自判几千起案件，应有的、好生的德意泯灭了。刀笔吏起草诏令，天子的话变得轻慢，对臣下琐屑的事故都要惩治，政体就受到伤害。对地方官吏的处罚取决于钱谷的征收，因而地方上官越来越贪婪，吏越来越横暴，田赋越欠越多。对百姓的敲剥多了，民生病苦，严刑搜刮已经都不起作用了，盗贼却一天天产生。任用了总理，下边官员的作用变小了，派遣了监视，封疆大吏的责任感变淡了。总督、巡抚手中没权，武将就越发胆怯，武将不守法纪，士兵也越来越骄横，武将胆怯，士兵骄横，朝廷的威严和命令就是对总督、巡抚也不起什么作用了。朝廷限期要他们平贼，他们就天天杀害平民百姓来报功，于是天下生灵涂炭，民不聊生了。原以为有一天老天会启发陛下，裁撤对总督的委任，重视郡守县令的人选，停止征兵买马，束缚酷吏的暴行，实施维新来教化天下，而且将会和重臣们一道洗心涤虑，开诚相交，不料君臣之间和洽相待是这样地困难。得到一个文震孟却因为一句话把他给罢了官，使大臣之间失去了和衷共济的情谊；得到一个陈子壮却因为他过于戆直被问了罪，从而使朝堂上敢表示不满意的风尚荡然无存。这些对于国体、人心的关系可不是浅显的呀！
“陛下一定要体察上天生长万物的心来表示对上天的敬仰，而不要只靠刑法来制约人；一定要想到遵守祖宗借鉴古人立下的制度来表示对祖宗的顺从，而不能轻易改变祖制。要以简要发号施令，以宽大培养人才，以忠厚培植国脉。发布政令要施行仁政，收取天下已经涣散的人心。而且要让太监回到宫廷中担任他应有的洒水扫地的劳役，惩办懦弱军将违反法令的死罪，慎重掌握宗室子弟改任别职的办法。然后派遣廷臣带着宫廷使用的库银巡行郡国，充当招抚使，赦免那些无罪而流亡的百姓，在险要的关隘处驻扎官兵，实行坚壁清野政策，允许造反者在走投无路的情况下返回自己的家乡，这样除贼首杀掉之外，还可以不杀一人而结束这场战争，哪里用得着兵威相加呢？”
这篇奏疏递进去以后，庄烈帝恼火得很，指示阁臣再三起草严厉的圣旨批评宗周。每次起草好送上来，庄烈帝都拿起他的奏疏复读，站起来走几个来回。后来怒气消了，颁布圣旨质问宗周，说大臣议论国事应当体谅国家的难处，考虑当前的实际情况，不应当像小臣那样把敢于归过于朝廷当成名气大，不过还是称赞了宗周为人的清直。
当时太仆寺缺少购马的钱款，朝廷发布诏书表示有愿意捐款的收下，体仁及成国公朱纯臣往下很多人都有所捐助。朝廷又决定停办明年元旦的朝觐仪式。宗周认为大臣捐款、停办朝觐是国家的大耻辱，庄烈帝虽然不高兴，心里称赞他的忠诚，更加想重用他。体仁担心他受到重用，就收买山阴人许瑚上书评论宗周，说他道学有余，才干不足。庄烈帝认为许瑚是宗周的同乡，对他的了解应该是真实的，就停止了重用宗周的想法。
这年秋天，宗周三次上书才得以请假回乡。走到天津时听说京师受到攻打，就停下来养病，十月里战事稍微平息一些，宗周就上书说：
“己巳年(1629)的事变，误国者只是袁崇焕一个人。小人借此争着发泄门户之间的怨恨，把异己者都当成崇焕的同党来办罪，天天捏造流言蜚语，逐渐把这些人都排挤掉了。从此以后小人进用而君子退出了，宦官掌了权而朝臣越来越被疏远了，对文臣的惩罚一天天增多，欺君罔上的行径越来越厉害，朝政一天天败坏，边防的情况越来越恶劣。今日之祸，实际上是己巳年以来逐步酿成的。
“像张凤翼那样失职于兵部的人，朝廷却让他专职负责征战，怎么能让王洽死而心服？像丁魁楚等人那样失事于边境的人，朝廷却责成他戴罪立功，怎么能让刘策死而心服？各兵镇过来的勤王部队，争先入卫的有几个人，却没听说哪个因为逗留不前受到指责，怎么能让耿如杞死而心服？现在用二州八县人民的生命换来了敌人饱食而去的结局，廷臣们却一个个像无可治罪的样子，又怎么能对得起韩火广、张凤翔、李邦华等等被贬被罢的大臣呢？我因此方知道小人祸人祸国是没有止境的。
“过去唐德宗对群臣说道：‘别人总讲卢杞奸邪，我倒很不觉得他奸邪。’群臣答道：‘这正是卢杞所以是奸邪的原因。’我经常反复地思考这句话，觉得它是一切时代辨别奸邪的要领。所以说：‘大奸类似忠诚，大佞仿佛真诚。’陛下不加明察使用这样的人，就会把天下的小人都聚集起来呆在朝中，而自己还不觉得。
“至于现在刑政方面最荒谬的事，如成德只是一个傲慢的小吏，朝廷却用赃罪把他充了军，怎么能严肃惩治贪污的政令呢？申绍芳做了十多年监司，朝廷却用莫须有的借口把他给刺配充军了，怎么能显示抑制钻营的法典呢？郑曼阝的案子是因为有人诬告而受到的制裁，怎么能发扬劝人守伦常的教化呢？这几件事，都是因原任辅臣文震孟而引发，也还是过去驱除异己的那老一套，可是廷臣没人敢出来说话，陛下也无从得知这一切。唉！八年之间是谁在掌握国家政权，把事情弄成了这样！我无法替首辅温体仁做解释了。古人说：‘是谁栽下的祸根，至今仍作梗害人？’我看说的就是体仁。”
奏疏递上后，庄烈帝大为恼怒，体仁又上书猛烈诋毁，于是宗周被罢官为民。
十四年(1641)九月，吏部缺左侍郎，朝廷推荐的人不能让皇上称心如意，庄烈帝上朝后叹着气，对大臣说：“刘宗周清正敢言，可以充任。”就这样任命了他。宗周两次辞谢推不掉，才上路赴朝，路上进呈了三篇答刂子：一是明圣学以端治本，二是躬圣学以建治要，三是重圣学以需教化，共几千字。庄烈帝以口气婉转的诏书回答了他。第二年八月宗周还没来，庄烈帝就提拔他为左都御史。宗周极力辞谢，庄烈帝传出圣旨催促他进朝。一个月后，宗周到文华殿里参见，庄烈帝问他都察院的职掌何在，宗周回答说：“在于端正自己进而端正百官。都察院长官务必使自己心中所存的一切念头往上可以对得住君父，往下可以经得住天下士大夫的质问，然后百官才会取法、模仿他。使大臣守法，小臣廉洁，朝廷的规矩严肃，都是都察院长官的职责，不过严格要求巡方是其首要的事务。巡方得人，吏治就会清明，民生也就顺遂了。”庄烈帝说：“卿努力干，不要让我失望。”于是宗周上书分别讲了树立道德规范，端正职守法规，强化典章制度，清除暗藏奸人，惩治官吏邪行，整顿吏治六件事，庄烈帝高兴地采纳了。不久宗周弹劾御史喻上猷、严云京并且推荐袁恺、成勇，庄烈帝都听从了他。后来上猷接受李自成的重要职务，最终受到世人的唾骂。
冬季十月里，京师受到攻打。宗周请表彰为国死难的卢象升，并追究、诛杀误国奸臣杨嗣昌，逮捕骄横不法的大将左良玉；防守山海关以准备反攻，防守潞安府以提防敌兵偷渡，防守通州、津门、临清、德州以准备南下。庄烈帝没能完全听取他的意见。
闰十二月三十日，庄烈帝在中左门召见廷臣。当时姜土采、熊开元因为谈论国事被打入皇家监狱，宗周约请九卿一同营救他们两个。入朝后听说皇上下了密旨要把他们两个置于死地，宗周大吃一惊地对大家说：“今天要全体出动，空署争取，一定要把他们改送到刑部方能罢休！”等进去回答提问时，御史杨若桥推荐说西洋人汤若望精通火器，请求皇上加以召试。宗周说：“边臣不讲求战守、屯防的办法，专门想依靠火器。近来城邑沦亡，难道是没有火器造成的吗？我们用火器制服别人时，别人得到了也可以制服我们，没看到河间是被别人用火器给打下了吗？国家大计，应当以法纪为主，大帅骄横不法，援兵逗留不前，怎么对这些反倒姑息迁就，在这里干纷纷扬扬毫无益处的事呢？”接着讨论督师、巡抚的去留问题，宗周请先拿掉督师范志完，并且说：“十五年来，陛下处理事务不得当，导致了现在的败局，不追查祸害的起因，改弦更张，想运用一些得过且过的政治手段来弥补目前的漏洞，并不是长治久安的办法。”庄烈帝变了脸色，问道：“过去的无法追悔了，善后措施又该怎样呢？”宗周答道：“在于陛下开诚布公，同天下人的好恶一致，听取国人的意见决定取舍，进用贤才，开通言路，逐步与天下一道再造乾坤。”庄烈帝问：“目前烽火在京郊燃烧，敌兵未退，况且国家败坏已极，应当怎么办才好？”宗周说：“加强武备一定先要求练兵，练兵一定要首先选将，选将一定要首先选择贤能的督师、巡抚，选择贤能的督师、巡抚一定要首先吏、兵二部用人得当。宋代大臣说过：‘文官不爱钱，武官不惜死，天下就会太平了。’这句话可说是对现在的讥刺。现在议论人才只看才干、名望，不问操守如何，没有操守不检点而遇事敢前、军士惧怕他的权威的道理。如果只把议论流畅、举动豁达当作才干，那么这种人为自己博取爵位、才干是有余的，要求他为国家成事立功就不行了，用这种人对于成败有什么裨益呢？”庄烈帝说：“国家在解救危难之际，用人不能不先看才干后看操守。”宗周说：“前人国家破灭，都是因为将官贪婪、放肆才造成的，所以从解救危难的目的出发，用人更应该先看操守后看才干。”庄烈帝说：“大将别有才干，不是仅仅有操守就能指望他成就战功。”宗周说：“别的且不一一说，就比如说范志完操守不检点，手下的大将偏裨无不是因为贿赂进用的，所以一经交战，三军解体。由此看来，看人还是要以操守为主。”庄烈帝态度缓和了，说：“朕已经知道了。”接着让宗周站起来。
宗周于是站出来进言说：“陛下正在下诏书求贤，姜土采、熊开元二位大臣就因为说话被问罪。我朝没有言官打进锦衣诏狱的事例，如果说有是从他们两个才开始的。陛下度量卓越，妄诞的像我宗周，戆直的像大臣黄道周，尚且得到了戴罪委任的大恩，这两位臣子怎么就这么不幸运，得不到皇上的饶恕？”庄烈帝说：“道周有学问有操守，跟他们不好比。”宗周说：“他们两个实际上是不如道周，但是朝廷对待言官应当有个体统，他们的话可用就用，不可用可放到一边去。就是他们有应得的惩罚，也应当交给法司去办。现在突然把他们打进锦衣狱，毕竟有害于体统。”庄烈帝恼火得很，责问道：“法司、锦衣都是刑官，何公何私？另外惩罚一两个言官，怎么就损害了国家体统？如果有贪赃枉法、欺君罔上的奸人，难道都可以不问吗？”宗周说：“锦衣官都是些膏粱子弟，哪里懂得什么礼义，只是听宦官指使。就是陛下自己要问什么人贪赃枉法、欺君罔上的罪，也不能不交给法司来办。”庄烈帝十分恼火地说：“这样偏袒的人哪配担任宪职！”过一会儿又说：“开元这篇奏疏一定有人在背后主使，我怀疑就是你刘宗周。”金光辰争论这件事，庄烈帝怒喝了他一通，命令连带他一同讨论处分。第二天，命令把光辰贬官三级调出朝廷，宗周剥夺职务，由刑部加以定罪。阁臣压下命令暂时不宣布，把原来的圣旨又捧回到庄烈帝面前恳求，营救宗周，才免予定罪，把他罢官为民了事。
宗周回去才两年，京师就失守了。他徒步带着武器去到杭州，责成巡抚黄鸣骏为庄烈帝发丧，出兵讨贼。鸣骏告诫他要镇定一些，宗周勃然大怒，说：“君父死于不正常的事变，先生在地方上专门带兵，不想到枕戈待旦，泣血同悲，激励同仇，只是想借口镇定做退避的打算吗？”鸣骏支支吾吾说不出什么。第二天，宗周又催促他，鸣骏说：“发丧一定要等接到哀诏才成。”宗周说：“嗨！这是什么时候，想从哪里接到哀诏呢？”鸣骏于是在杭州为庄烈帝发丧。宗周问出兵的日期，鸣骏却说：“武器还没有备齐。”宗周叹气说：“唉！和这种人在一起能干什么呢？”于是与原侍郎朱大典，原给事中章正宸、熊汝霖召募了义师，正打算出兵，福王在南京监国，把宗周起复原官。宗周因为国家的大仇未报，不敢接受官职，自称草莽孤臣，上书谈论时政说：
“现在的大事除非讨贼复仇，否则就无法表白陛下渡江南下的雄心；除非毅然决策亲征，否则就没法振作天下人忠勇义愤的气概。具体讲来有以下几件事：
“第一，占据战略要地以便图谋进取北方。江南不能成为偏安之地，请进图收复江北。凤阳号称中都，往东可以扼守徐州、淮州，往北可以控制河南，往西可以照顾荆州、襄阳，往南又离南京城不远，请在那里驻扎陛下亲征的部队。对各级官吏的任命，都暂时自称行在，以便稍稍使臣子保存自己想回避的负罪的心态。从凤阳逐步向北推进，我想陕西、山西、河北、山东一定会有响应号召而起兵勤王的人。
“第二，加强建立藩屏以便帮助镇压逆贼。淮州、扬州几百里地方，过去设置了两员大将，没能平定战乱，反而争先南下，以至于把江北偌大一块土地拱手让给了贼寇。督漕路振飞坐守淮城，很早就用船把家属送到了远处，这简直是在提倡大家逃跑。于是镇臣刘泽清、高杰据说都把家属安顿到了江南。按照军法，临阵脱逃的应予斩首，我认为这么一个抚臣、两个镇臣都该斩首。
“第三，慎重进行封爵奖赏以便严肃军心。请朝廷分析一下各个将帅的封赏，看哪个是该封的，哪个是滥封的，属滥封的轻则可以收回侯爵，重则可以剥夺伯爵。如果说左良玉将军是因为收复失地而得到封侯，高杰、刘泽清临阵败逃也得到封赏，那么又有哪一个不应当封赏呢？武臣的封赏滥了，文臣也就跟着滥，朝廷里的封赏滥了，宫廷里的宦官也就跟着滥。我真担心天下人知道这些后就会离心离德。
“第四，清查原任官吏以便树立人臣的规范。北京失陷后，原任官吏中有接受伪官背叛朝廷的，有接受伪官后又逃出来的，有在任职地方逃出来的，有奉使命而逃出来的，法律对这些人应一概问罪，不能赦免。朝廷应对这些人赶快加以辨别、定罪，以便警告以后的臣子。
“至于接受伪任后南下的官吏，他们在忠顺与逆反之间徘徊不定，这样的人是大有人在，他们一定会制造一些邪说蛊惑人心，这种人尤其应当斩除净尽。”
又说道：
“当贼兵进入陕西流入山西逐步打到畿南时，周围地区人心惶惶，可大江南北像太平没事的样子。那么两三个总督、巡抚在这里却没听说过他们派一兵一卒过去，以壮声援，贼兵因而得以长驱直入打下皇宫。坐视君父危亡而不救，这是封疆诸臣应予诛杀的第一条理由。皇上驾崩的消息已经确定无疑，诸臣假如愿意奋戈而起，决一死战，赎免前罪，就应当星夜出动。可是他们却在那里仰声息于南京，争着空谈固守的策略，丢掉在地方上的兵权，抢夺辅立新君的大功，这是封疆诸臣应予诛杀的第二条理由。新君登基之后，本应该一天不耽搁，马上派遣北伐的军队，要不然，就应当立即派一名使节，从小路上北进，给河北父老发布檄文，召来塞上的名王，哭祭宗庙，安置先帝的灵柩，寻访诸王。再不然，可以起用福建大将郑芝龙，用海军进克直沽，九边总督再合谋共奋，事情或许还可以成功。可是诸臣不想到这些，这是满朝文武谋国不忠，应当诛杀的第三条理由。过去因罪被罢的大臣，朝廷酌情予以平反，本应当借先帝遗诏的名义进行，现在却一概使用新天子的名义。关于诛除阉党的案子，陛下与先帝的诏书前后冲突，这样势必要把那些穷凶极恶的坏人们都平反才罢休，这是满朝文武谋国不忠，应予诛杀的第四条理由。我认为现在办罪，应当从朝廷内外不称职的诸臣开始着手。”
福王命令接受他的奏章，交付史馆收存，朝廷内外因此受到了震动。马士英、高杰、刘泽清恨透了，更加想要杀掉宗周了。
宗周接连上书请假得不到回复，就抗言上书弹劾士英说：
“陛下从淮州一带起家当天子，事实上是老天给的大命，可是有人因为随从的一点点功劳就入内阁，进中枢，接受官衔世荫，似乎可以心安理得地接受这些，这个人不就是士英吗？从此李沾侈言辅立新君的功绩向廷臣挑战，刘孔昭认为功赏不均跟吏部长官大发怒火，朝堂上相互吵闹喧哗不已，一群小人们于是翩然而起，粉墨登场。假借懂军事的名义，逆党也可以死灰复燃了；放宽反正的门路，逃臣也可以拉来任职了，因而阁部诸臣逐渐都要申请弃官还乡去了。朝廷里边正忙于制造党论，哪有功夫算计河北的贼寇；立国的纪纲已被破坏殆尽，怎么考虑灭敌复国的策略。高杰是一个逃将，可是朝廷把他奉若赤子，慢慢就有尾大不掉的忧患了。淮州、扬州出了事，朝廷不难考虑派抚臣道臣过去向他们道歉，可是这样怎么能不长其桀骜？说到头来他们是靠着士英的庇护才如此。刘泽清、黄得功过去都有各自的驻防区域，可是他们像下棋一样把它抛到一边去，在那里斗鸡一般气势汹汹地争夺地盘，以至于朝廷把江北分划成四个兵镇来安置他们。这样做怎会不启其雄心？说到头这件事是由高杰引发的。京营自祖宗以来都是由勋臣来主持，兵部侍郎辅佐勋臣，陛下开国伊始，就任命了宦官卢九德，对这件事士英不能推卸他应有的责任。”
福王用口气婉转的诏书回答他，同时催促他赶快入朝。
士英大为恼火，当天就写下奏疏要辞职，又在朝廷里扬言说：“这位刘公自称草莽孤臣，不署新天子给他的任命，明明表示他不向天子称臣嘛。”他的私党朱统翷于是弹劾宗周上书请皇上移驻凤阳：“凤阳是监狱所在地，他想把皇上当作有罪的宗室子弟安置到那里，然后与史可法一道拥立潞王。他们的部队已经潜伏在丹阳了，应该紧急加以防备。”另一方面泽清、高杰一天到晚策划怎样杀掉宗周，找不到办法就派了十多个刺客过去刺杀。宗周当时在丹阳一天到晚正襟危坐，不曾懒散过。先后过来的刺客都不敢下手就离去了。黄鸣骏入觐，部队开到京口跟江防部队相斗杀，士英以为统翷的话是真的，也怕得要死。于是泽清上书弹劾“宗周暗中阻挠收复失地，想杀掉我们这些人，激起将士们变心，给天下百姓带来灾殃”刘良佐也写了一篇奏疏说宗周极力压制“三案”充当门户首领；提出要皇上亲征，企图像晁错那样自己担任留守；像司马懿那样关闭城门不让皇上进去。良佐的奏疏还没发布，泽清又写一篇奏疏，并署上高杰、良佐及黄得功的名字交了上去，说道：“宗周劝皇上亲征，试图谋害君父，想把陛下安排到烽火连绵凶多吉少的地方去，居心何在？这件事不是宗周一个人的主意，而是姜曰广、吴生生等人共同策划的，曰广为人心雄胆大，拥立陛下并非他的本心，所以暗中勾结死党，想剪除忠臣以后强迫陛下迁移到别的府城去。假如吴生生、宗周入都，我们就立即渡过长江，到朝廷里当面抨击这帮奸臣，实行春秋所讲的讨贼的大义。”他的奏疏递上后，满朝文武吓了一大跳，福王传发指示要大家团结一心，共渡时艰。宗周迫不得已，就在七月十八日入朝。当初，泽清的奏疏公布后，朝廷派人抄了一份送去给高杰看，高杰说：“我们武人怎么能干预朝政呢？”得功也上书辩解说：“我事先根本不知道。”士英却把得功的奏疏压下不往上送。史可法气愤不平，派使者过去一个个质问各镇将帅，大家都说不知道。可法就把情况如实报告了福王，这下泽清等人为之沮丧。
士英已经忌恨宗周，越来越想排挤掉他，就推荐说阮大铖懂军事，福王传令让大铖穿上官服进见。不多天，从宫中传出特旨任用大铖为兵部添注右侍郎。宗周说：“大铖的进退关系到江南的兴亡，老臣不敢不争他一回。皇上假如不听，我也要还乡去了。”奏疏递上去后福王不听，宗周就告老还乡，福王传下诏令允许他乘坐官方车马回乡。宗周即将动身前上书讲了五条建议：一是勤问政事，不要因为沉湎于眼前的享乐忽略了远大抱负；二是振举王法，不要因为皇上对臣下的开恩损害臣子们应守的法度；三是明定国事，不要让邪气压了正气；四是端正治术，不要把刑名摆到教化前头来；五是巩固国本，不要因为外患酿成内忧。福王用语气委婉的圣旨回复说知道了。
第二年五月，南都覆亡了。六月，潞王投降，杭州也失守了。宗周正在吃饭时听到这个消息，把桌子都给推倒，失声痛哭起来，从此就开始绝食。他移居到城郭之外后，有人用文天祥、谢安的故事劝说他，宗周说：“北都的事变发生时，我可以死，也可以不去死，因为身在乡间，还有希望看到国家中兴。南都的事变发生时，是主上自己放弃了自己的江山，我还认为可以死，也可以不去死，以便等待国家后继有人。现在我们浙江也投降了，老臣不死还等什么呢？如果说我不在官位上，不应该与城共存亡，难道不应该与国土共存亡吗？这也就是过去江万里自杀的道理了。”出去辞别祖墓回来，船经过西洋巷时，宗周投入水中，水浅没死成，船夫把他扶了上来。宗周前后绝食二十三天，开始还喝点茶水，后来十三天里滴水不沾，像往常一样跟弟子们进行学术问答。闰六月八日，宗周绝食身亡，终年六十八岁。
宗周早年从许孚远那里接受学业。后来又进入东林书院跟高攀龙等一起讲习。冯从吾首善书院的讲会，宗周也参加过。浙江自从王守仁以后，心学一传为王畿，再传为周汝登、陶望龄，三传为陶。。龄，都掺杂了禅学的内容。龄在白马山讲学，提出了因果说，离王守仁的思想更远。宗周对此很忧心，修建了一所证人书院，召集志同道合的人在一起讲习。快死的时候，宗周对自己的学生说：“治学的关键在于心中的立诚，主敬是立诚的外部功用。能主敬心中就能立诚，立诚就合乎天性了。良知学说很少不流入禅学。”宗周在官位上的时间不多，他侍奉君主不把表面的服从当成恭敬。他入朝做官时，即使一个人呆在暗室里，都不敢把脸朝南坐。无论审判大案，还是讨论大事，或者是阅读圣旨，他都要退后几步，拱手站立很久才敢进行。有时请了病假，就徒步回到家里居住，布袍粗饭，乐道安贫。一旦接到朝廷的召唤他马上就上路，有时连衣服、帽子都不等穿齐戴好。学者们把他称为念台先生。他的儿子叫刘氵勺，字伯绳。
黄道周，字幼平，漳浦人。天启二年(1622)进士，改选庶吉士后，授职编修，担任经筵展书官。按照惯例，展书官一定要跪行到皇上面前，道周却不跪行，魏忠贤狠狠地瞪了他几眼，以示恐吓。不久，道周为母亲守丧回家去了。
崇祯二年(1629)，道周以原职起用后，升任右中允。因为他多次上书营救原辅臣钱龙锡，被降职调用，龙锡得以减免了死刑。五年正月，道周在候补期间生了病，请求离朝还乡，临行之前上书说：
“我从小学习易经，用天道作为准绳，史书所记载的二千四百年历史，用天道来考察其治乱兴衰，百无一失。陛下登基后第一年，正碰上师卦的上九爻，其爻辞说：‘天子有命令说：封建诸侯和任命卿大夫，小人都不可用。’所以说陛下思念贤人不能马上得到，惩处小人不容易清除干净，这是因为陛下虽然有天子的英明，但是小人们总是怀着抵触命令的心态。我入京以来所看到的大臣们都没有什么远大策略，动辄找别人的小毛病。治理朝廷中政务的大臣把察处别人当成要事，治理边疆军事的大臣把苟且偷安看作上策。有人讲论仁义道德，就认为是迂腐、幼稚；那起草簿书的小官吏，倒被看成通达、识时务。一经勘察官员政绩，就弄得终年纠缠不休；下属的一点意见不合胃口，就株连四起。陛下想整顿朝廷纪纲，驱除外患，那帮大臣就用严刑峻法，打击百官，陛下想革弊防奸，以一警百，那帮大臣就以此借题发挥，制造矛盾，招揽权力。进一步说吧，朝堂里的大臣们敢欺骗陛下的，一定不是那些战战兢兢，照章办事的士人，而是那些把持权力，百般乖巧的人；宫廷里的大臣们敢欺骗陛下的，一定不是那些推磨、切菜、管钱管账的下人，而是那些权倾宗社的显贵。请陛下明智地思索一番，参看古今的史书想一想，自古至今，绝对没有斤斤计较于俸禄多少的人可以提出远大策略来的；也没有吹毛求疵的人可以取得三皇五帝那样的政治成就的。”
庄烈帝阅后很不高兴，摘出“纠缠”、“株连”等字眼，责令他做出具体解释。道周上书说：
“近年来朝臣们所看到、想到的，没有一件事是真心为了朝廷好。他们选用人才，所作所为，不过是为了寻求报复。从前年春天开始，朝臣们大谈边疆的事务，事实上并不是为陛下守边疆，而是为谋逆的阉党翻边疆的案；从去年春天开始，朝臣们大谈科场的事务，事实上并不是替陛下整顿科场，而是为了报复仇怨翻科场的案。这难道还不是我说的‘纠缠’、‘株连’吗？”
这些话都是影射大学士周延儒、温体仁的，庄烈帝更加不高兴，把他给罢官为民了。
崇祯九年(1636)，因为有人推荐，朝廷召回道周，恢复了原先的官职。第二年闰月里，朝廷因长期干旱不雨，诏令百官反省，道周上书说：“最近朝廷内外都在斋戒，为百姓请命，可是朝廷里五天逮系了两位尚书，没听说有一个人上书请救，怎么能指望老天消除凶灾，帮陛下实现公正、光明的政治局面呢？”又上书说：“陛下宽宏大度，肯于饶人，所以有身寄重任达七八年没什么功效，还依然把持大权的。发展到现在，国家没有是非之分，朝廷没有什么枉直之辨，里里外外的群臣百官大都得过且过地办事，这实在令人痛心疾首。不过下边群臣百官的所作所为全都决定于上边。上边急于征收租税，下边就急于收贿行贿；上边喜欢苛刻地考核，下边就喜欢夸大其事；上边喜欢揭人隐私，下边就喜欢诬陷。在这南北交讧的时候，朝廷干什么要和市井里的小百姓计较那些家庭不和的传闻，结那本来不必理睬的仇怨呢？”当时体仁正引用一些坏人制造东林、复社的案子，所以道周谈到这些。
不久道周升任右谕德，掌管司经局，他上书辞让时，说自己有三罪、四耻、七不如。三罪、四耻，用来自我批评，七不如是说“在品行峻洁，超出常人方面，不如刘宗周；在性情涵养，无愧纯孝方面，不如倪元路；宏观思维，远见深计方面，不如魏呈润；犯言直谏，裁决平允方面，不如詹尔选、吴执御；志尚高雅，博学多通方面，不如华亭的平民陈继儒、龙溪的举人张燮；说到监狱中因事累及被逮的大臣，那么在心性朴实，行为纯正方面，不如李汝璨、傅朝佑；在文章意气风发，仕途坎坷，光明磊落方面，不如钱谦益、郑曼阝”郑曼阝当时正因为所谓的棍打母亲事受人唾骂，所以庄烈帝接到章奏大吃一惊，批评他颠倒是非。道周又上书辩解，言辞之中又有营护郑曼阝的意思。庄烈帝恼了，下一道措辞严厉的诏书训斥了他一番。
道周因为文章、气节名高于天下，为人严肃、刚正，不与世俗相妥协，公卿大多害怕并且忌恨他，于是借用了不如郑曼阝这句话作为口实。这年冬天，朝廷要选用东宫讲官。体仁已经去职，张至发担任了执政，把道周排除在外，不让他参与。道周的同事项煜、杨廷麟认为不公正，上书推荐道周。至发说：“郑曼阝棍打自己的母亲，诏书中已讲得明明白白，道周自称不如郑曼阝，还怎么可以做太子的老师呢？”道周于是称病求去，庄烈帝不答应。
十一年(1638)二月，庄烈帝一次来经筵前讲读。当时刑部尚书郑三俊刚刚入狱，讲官黄景窻营救他，庄烈帝不同意。这时庄烈帝正好追论以前讲官姚希孟曾经奏请把漕运储藏全都改为折征银两的错误，道周没听仔细，认为庄烈帝将宽释三俊并且追念希孟，于是讲道：“原任辅臣文震孟一生直而不顺，未曾得到过赠恤。天下的士大夫活着的如三俊，死了的如震孟、希孟，即使求其仿佛，也不可多得。”庄烈帝认为他的回答不真实，责令他再做回奏。道周再奏，庄烈帝再做质问，一直到三次进奏才算完。道周前前后后所提出过的建议，未曾得到过一次同意的批复，但道周还是不停地进言。
六月，朝廷中推举阁臣。道周当时已经担任日讲官，升为少詹事，得到了提名。庄烈帝没有任用他，而选用了杨嗣昌等五个人。道周于是起草了三篇奏疏，一篇弹劾嗣昌，一篇弹劾陈新甲，一篇弹劾辽东巡抚方一藻，在同一天里交了上去。他弹劾嗣昌说：
“天底下不会有无父之子，也没有不臣之子。卫国的开方不回家省亲，管仲竟把他比作猪狗。李定不为继母守丧，宋朝人都把他指为人枭。现在就敢有不为父母穿孝服，端坐在政府中，像嗣昌这样的人。宣、大总督卢象升因为父亲刚入殡而自己在仕途上，所以椎心泣血，请求就近任职，后来竟忽然间冒出一道在官位上守丧的圣旨来。守丧如果可以推脱，那么闻丧就可以不奔丧了；闻丧可以不奔丧，那么为人子者就可以不认自己的父亲，为人臣者就可以不认君父。国家即使人才很缺，也不能让这种不忠不孝的人呼朋唤友，招徕同类，播下不祥的种子来玷污国家呀！嗣昌在朝理事两年了，从他提出的十面张网、超占田土加租的办法和通贡、互市的乐观主张来看，他的才智到底怎样也该可以看出来了。现在他又要再起用一个不祥之人和他互为表里。陛下用孝道治理天下，缙绅家庭一些小小的婆婆妈妈的纠纷还要依法处治，而对于居丧期间灭绝伦常的行为却认为不必禁止，我认为这样不行。”
他评论新甲，说他：“没有守完丧，就走邪道，寻求关系踏上仕途。天底下即使很缺乏人才，也不应该把他派上用场。”他评论一藻时，极力批评了和议的错误。庄烈帝怀疑道周是因为自己没被选用而抱怨“缙绅”、“纠纷”的提法是想为郑曼阝开脱罪责，所以交由吏部对他进行贬官处分。嗣昌于是上书说：“郑曼阝棍打自己的母亲，禽兽不如。如今道周又自称比不上郑曼阝，况且他的意思只不过是想包庇郑曼阝那样的恶人，掩饰以前言语的差错罢了，居心可知。”进而自请罢免。庄烈帝颁发一道语气婉转的诏书对嗣昌表示安慰。
七月五日，庄烈帝在平台召见内阁及各部的大臣，并且包括道周在内。在与大臣们谈论各部门事务谈了很久以后，问道周说：“凡是个人无所图而做出来的，称为天理，有所图而做出来的，称为人欲。你的三篇奏疏正在廷臣推荐你后未被选用的时候递交上来，真的是无所图吗？”道周回答说：“我的三篇奏疏都是为了维护国家的纲常，自信无所图。”庄烈帝问道：“以前怎么不说？”道周回答说：“以前还可以不说，到他们被选用后不说，往后就更加没有说的日子了。”庄烈帝说：“清白本来是一种美德，但不能用来炫耀自己，满足不正当的目的，况且也只有一个伯夷是圣人中清白的人，像他那样才叫作清白。如果仅仅对于无关紧要的事情小心谨慎，只能说是廉节，不能叫作清白。”当时道周的回答不能让庄烈帝满意，庄烈帝几次驳斥他，道周又进言道：“只有孝悌的人才能治理国家，生养万物。不孝不悌的人，根本都没了，哪里还能有枝叶长出来？”嗣昌这时站出来说：“我又不是从桑树窟窿里钻出来的，怎么不知道孝敬自己的父母。只是想君为臣纲，父为子纲，君臣的关系本当摆在父子之前。况且古时候是各国都有君臣，大臣可以去此而适彼；现在是一统天下一处君臣，大臣对自己君父的义务不可能逃出天地之间。再说仁人不能抛弃父母，义士不能先己后君，这两者不能偏重其一。我四次上书极力推辞，还想着词臣中能有刘定之、罗伦那样的人替我抗言上书申请，让我能满足自己的心愿呢。后来等我来到京师时，听说道周的人品、学术都是一代宗师呢，竟然自称不如郑曼阝。”庄烈帝说：“不错，我正打算问他呢。”接着问道周说：“古人心里无所图，现在的人却各有私虑，所以孟子想纠正人心，消灭邪说。古时候的邪说是另外自成一派的，现在的邪说却干脆依附在圣贤的经传中，对世道人心的危害更大了。我且问你，你自称不如郑曼阝，是什么歪道理？”道周回答说：“匡章受到举国上下的遗弃，但孟子对他不失礼貌，因为他自有长处。我说不如郑曼阝，也只是说我在文章上不如郑曼阝。”庄烈帝说：“章子得不到父亲的欢心，这跟郑曼阝棍打母亲怎么相比。你自称比不上他，难道不是和他勾结又是什么？”道周说：“大家都讨厌一个人时，皇上务必要自己明察，不要随便附和。”庄烈帝又问：“新甲是怎么走邪道，寻求关系踏上仕途的？另外你所说的柔媚取悦，点头哈腰的又是哪一个？”道周回答不上来，只是说：“一个人思想不端正，那么他的一切行为都不会正确的。”庄烈帝又问：“丧当然是凶礼，难道碰上凶丧的人就是凶人，都是不祥之人？”道周说：“古时候大夫守丧三年，君王的命令根本就不会传到他家门口。他自称凶与不祥，所以举行军礼时凿开凶门走出来。克制孝心出来做官，在疆外还是可以的，在朝中就不行。”庄烈帝问道：“人既然可用，为什么要区分内外？”道周说：“我们明朝自从罗伦议论克制孝心以来，前后有五十多人出来做官，多在边疆。所以嗣昌在边疆是可以的，在中央就不行了；在中央还算可以，在政府就不行了；只嗣昌一个人还可以，他又呼朋引类，简直要把朝廷搞成一个有丧不守的夺情世界了，这就更加不行了。”庄烈帝又把他盘问了好久，最后说：“少正卯当时也被称为名人，思想反动而且邪恶，行为不正而且固执，言论错误却说得头头是道，赞同错误还要予以润色，记诵一些乌七八糟的知识但是十分广博，所以难以逃脱圣人的诛戮。现在很多名人也差不多是这样了。”道周说：“少正卯心术不正，我心正，没有丝毫的私欲。”庄烈帝恼了，过了片刻，命令他出去听候圣旨。道周说：“我今天话不讲完，是我对不起陛下；陛下如果今天杀我，就是陛下对不起我了。”庄烈帝说：“你一生的学问，就只学会了油嘴滑舌。”喝令他退出去，道周叩头后后退几步，又跪着说道：“我敢把忠诚直言和油嘴滑舌剖析一下看。一个人在君父面前独立不阿、大胆说话如果叫作油嘴滑舌，难道在君父面前谗谄面谀叫作忠诚？忠诚直言与油嘴滑舌不能分辨，正直与邪妄混乱不清，怎么能实现太平？”庄烈帝说：“是呀，但也不是朕随便用油嘴滑舌来批评你。我提的是这个问题，你回答的是另外的事情，这还不是油嘴滑舌是什么？”又一次喝令他退出去，然后回头看着嗣昌，感叹道：“现在人心轻薄是多么严重啊！道周肆无忌惮，他能不自认为正直吗？”于是把文武群臣都召来聆听了一番教导，然后退朝了。
这个时候，庄烈帝忧心军事，认为可以托大事的只有嗣昌这么一个人，所以破格选用了他。道周泥守经典，违背了庄烈帝的意思，等召见他问话时，他又不退让，庄烈帝十分恼火，想对他实行严惩，害怕他名声太大，影响不好，所以没敢决定下来。这个时候刘同升、赵士春也因为弹劾嗣昌，朝廷决定给予严惩，但吏部给予道周的贬处却很轻。嗣昌担心给道周的处分轻了，弹劾自己的人就会没完没了，所以紧急收买人弹劾道周。刑部主事张若麒打算调入兵部，就迎合嗣昌的意思上书说：“我听说人主的尊贵，尊贵到独一无二的地步；人臣不应自居尊大，自居尊大就该杀头。现在黄道周和他的同伙捏造谣言，贬损皇上的德行，把古往今来不曾有过的好话都加在道周身上，那么一切不好的就都可以归过于君父了。朝廷如果不颁布前些时召大臣问话的整个经过，让天下人知道，那么背公死党的家伙们就会乱传出去，迷惑各地吏民，私自写出来让后代人犯疑，掩没圣天子纠正人心，消灭异端邪说的真实意图。这样影响就很不好。”庄烈帝于是就给廷臣们传了一篇指示，要大家不要接受道周的挟持，与他相互勾结，共有几百字。把道周贬官六级，让他去当江西按察司的照磨。若麒果然如愿，调到了兵部。
很长时间以后，江西巡抚解学龙推荐自己手下的官吏，对道周称颂备至。按惯例，这种奏疏只交有关部门看取，庄烈帝也不再批阅。可是大学士魏照乘极其讨厌道周，就起草诏令批评学龙胡乱推荐。庄烈帝于是发了火，立即把他俩剥夺官籍，逮进刑部的监狱里，批评他们勾结成奸，破坏政治，都打了八十大杖，追究他们的党羽。狱词中牵连到编修黄文焕、吏部主事陈天定、工部司务董养河、中书舍人文震亨，这四个人也被关进监狱。户部主事叶廷秀、监生涂仲吉营救他们，也被关进了监狱。尚书李觉斯量刑很轻，庄烈帝严厉批评了他，又改判为到烟瘴地面充军，庄烈帝还是认为量刑太宽，把觉斯给除了名，把道周移交镇抚司加以拷问，然后才送回刑部狱。过了年后，尚书刘泽深等说：“学龙、道周两个人的罪判他们永久充军也就够了，再往上只有处死刑。处死刑的大臣不是因为丢失领土就是贪婪、凶狠，没有哪个人因为提意见被处死的。道周没有丢失领土或贪婪、凶狠的罪名，而有提意见被杀掉的名誉，如果死刑让道周碰上就不是我们的圣主所有的载天覆地的肚量了。陛下所怀疑的只不过是帮派。但拉帮结派，表现在行动上。道周抗言上书，只借文字讲空话，有那么一两个要好的朋友也都跟着罢免了，所谓的帮派在哪里，用得着动用朝廷的刑法？况且陛下怎么会积恨于道周呢？万一日后您回心转意了，可是我的死刑判决已成事实，那时后悔也没用了。”所以仍旧请照原判结案。道周于是被判为永久充军广西。
十五年(1642)八月，道周充军已有一个年头了。一天，庄烈帝召五位辅臣进入文华后殿，手拿一册书随便问道：“张溥、张采是怎么样的人？”大家都回答说：“是读书好学的人。”庄烈帝说：“张溥已经死了，张采只是一个小官，科道官为什么热心称赞他？”大家回答说：“他胸中装有不少书，科道官因为对他的使用不到头，所以惋惜他。”庄烈帝说：“他为人也不免有些偏激。”当时延儒在嗣昌死后又一次进了内阁，要参考大家的意见为道周活动，就回答说：“张溥、黄道周都不免有些偏激，只是因为他们擅长学问，所以人人都惋惜他们。”庄烈帝没有做声。蒋德瞡说：“道周过去被判充军，皇上的恩德已很宽大了，只是他家里穷，孩子还小，实际情况让人怜悯。”庄烈帝再露微笑。陈演说：“道周这个人对父母也极孝顺。”吴生生说：“道周学无不通，并且为人很清苦。”庄烈帝不答话，只是微笑而已。第二天就传出圣旨恢复道周原来的官职。道周在路途上上书谢恩，称赞了学龙、廷秀的贤德。回到京师后，庄烈帝召见了他，道周见到庄烈帝就流下了泪，说：“我想不到现在还能再见到陛下，只是我本来就在生病。”向庄烈帝请假，得到了批准。
过了很久，福王监国，用道周为吏部左侍郎。道周不想出任，马士英劝说道：“人望在你身上，你不出来，想跟着史可法拥立潞王吗？”道周于是迫不得已进入朝中，交上了九篇进取北方的策论，朝廷册封他为礼部尚书，让他协理詹事府的事务。只是当时朝政一天天坏了下去，大臣相继离开南都，有见识的人都知道福王即将灭亡了。第二年三月，福王派道周去祭告大禹陵，出发前，道周又递上一篇进取策，当时没有被采纳。道周刚办完事，南都亡失了，他到衢州去拜见唐王朱聿键，上表劝进，唐王让道周当武英殿大学士。道周的学问、品行都很高，唐王特别尊敬他，曾经赐宴给他。郑芝龙封为侯爵，位置在道周之上，大家主张压一压芝龙，文武大臣由此不和睦了。有个学生上书攻击道周迂腐，不能担任辅臣，唐王知道是出自芝龙的意思，故意把这个学生交督学御史打了一顿。
在这个时候，国势已衰，朝廷大权掌握在郑氏手中，这位大帅仗着唐王的恩赐，观望不前，不愿意出关召募士兵。道周于是自请到江西去谋划收复失地。当年七月他出发，所到之处得到周围地区的响应，募到义旅九千多人，从广信开出衢州。十二月进抵婺源，遇到大清部队，战败后被俘，被带到江宁，单独关在一个房间里，穿着囚服写书。将要处死他时，道周行经东华门，坐在地上不起来，说：“这里离高皇帝的陵墓比较近，可死在这里。”监刑的同意了他。道周幕下的谋士中书赖雍、蔡绍谨，兵部主事赵士超等都死了。
道周学通古今，所到之处跟他钻研的人云集而来。铜山在一个孤岛上，山上有一座石室，道周从小坐卧其中，所以学者称他为石斋先生。道周精通天文、历法、数学、皇极等方面的书籍。他所著的易象正、三易洞玑及大函经，学者整年学习也弄不懂他的学说，而道周自己用它来推演、验证国家的治乱。他死后，他的家人得到他写的一本小册子，上边自己说自己死在丙戌年(1646)，终年六十二岁，大家才相信他真能预测未来。
大臣们意料之外，不免有自以为是的思想。臣下救过不暇，进谗言的人借此进行离间，猜忌臣下的事端于是由此兴起。皇上如果只仗着自己的聪明办事，使臣下无自己的忠心，那么皇上的耳目不免有时要壅闭的；只仗着自己的英明决断办事，使大夫、国人都不能认定自己的意见，那么皇上的意见不免有时与实际不符。刚刚还对一个大臣传旨贬处，把他的奏章压在宫中，为什么不几天又高兴地对他加以隆重起用呢？几十年来，因为门户之争朝廷杀了天下多少正人君子，现在还要蔓延不已。陛下如果想打击君子来平息小人们的怨气，任用小人之私来彰明君子的公德的话，过去的覆辙就会再现于天下。
“陛下求取太平的心操之太急，慢慢地滋生了功利之心，功利之心不止，又转而使用刑名之术；刑名之术不止，又流变为猜忌臣下；不断地猜忌臣下，就慢慢地积为壅蔽，不解下情了，这正是人心中危险的正在潜滋暗长而不自知的因素。陛下假如能平心静气，站在中间立场看看两头，不做声地纠正这些错误思想，使自己思想方面所表现出的都是仁义的成份，用仁爱来化育天下，用道义来纠正万民的思想行为，从朝廷扩展到四海，到处都看得到仁义教化，那么陛下可以说一日之间就成了尧、舜一样的圣人。”
庄烈帝认为这些话迂腐、阔略，不敷实用，但对他的忠诚深表赞叹。
不多久，都城受到围攻，庄烈帝没有上朝，大臣的章奏多被扣在宫中，不予答复，传一道圣旨要准备八百只布袋，宦官们争先恐后地进献骡马，又命令百官进献马匹。宗周说：“这一定是有人用迁移的主张说动了皇上。”于是他来到午门叩头谏言说：“国势的强弱全看人心的安危如何。请陛下出宫到皇极门来，召见百官，明确宣告我朝的宗庙、陵园都在这里，除固守京师而外没有别的打算。”宗周趴在地上等候回答，从清晨一直趴到黄昏时分，宦官出来传过圣旨才回去。当时米价飞涨，宗周请求罢免了京师九座城门的商税，修整商业网点，安置贫民，由官府煮粥养活老人和病人，严格推行保甲法，京师的人心才稍稍安定一些。
当时中央和政府的大臣很多人被关进了监狱，宗周上书说：“国事发展到这一步，这些大臣们负有责任，无法逃脱，陛下自己也应当分担些责任。过去夏禹、商汤逢灾罪己，他们的国家就得到勃兴。过去皇上老是因为一些事情而当面怀疑群臣，群臣都在怀疑之中，日积月累，结成了暗疾，有识之士为此忧心忡忡。现在陛下应当开示诚心，把这看成解救国难的根本，经常到便殿里去召见士大夫，把起草诏令的权力交给阁臣，把各项事务交给部、院去办，把政事的议决权交给言官，如果事情办不好，再另外安排人，不要束缚大臣的手脚促成他们的罪责。过去朝廷把文官像小鸡一样束缚着，把军队的武将当成了骄子，逐渐地形成恩威错置的局面。后来看文武百官都不值得信任，于是专门用那么一两个太监，京城外边一步步地安排了太监。自古以来没有让宦官领兵而不耽误国家大事的。”又弹劾了马世龙、张凤翼、吴阿衡等人的罪状，触犯了庄烈帝的意思。
三年，宗周因病在假，曾上过一篇关于祈求上天永保国运的道理，这篇奏疏说：
“取法上天最重要的事情莫过于重视人命，因而刑罚应适当应公平。陛下喜欢用重刑制约臣下，逆党要杀，封疆失事也要杀。一切错误，重的杖死，轻的贬出，朝署中一半人都沾了罪徒的边。不过最伤害国体的莫过于皇家监狱了。副都御史易应昌因为平反一事被打进监狱，法司总把拷问当成忠直，所以天下到处是些苍鹰乳虎。希望陛下体察上天好生之心，首先废除皇家监狱，并且宽恕易应昌。这是祈求上苍永保国运的一种办法。
“取法上天最重要的事情莫过于厚民生，因而赋税征收应当放宽期限，应当减轻。现在往年的拖欠要征收，还有来年的租税要预征。这样接连不断地追着收缴，乡村里贫困破产，贪吏更加成了百姓的大害。贵州巡按苏琰被监司揭发运送所谓的‘行李’，就是一个例子。抚抚贪图货财，更不必说下边的小吏了。吮吸百姓膏脂的贪官污吏，已经是遍布全国了。希望陛下体察上天好生之心，首先免除新饷，并且严厉整顿官方人员。这是祈求上苍永保国运的又一种办法。
“但是天子是上天的宗子，辅臣是宗子的家相，陛下设置辅臣，大多由自己特别选拔。我也希望他们体察陛下的好生之心，不要驱除异己，给朝臣制造大案，酿成国家朋党作奸的祸害；不要贪图宠利自以为成功，引导人主一味追求富国强兵，酿成国家土崩瓦解的危局。”
周延儒、温体仁看到奏疏不高兴了，就用当时正在求雨而宗周假称生病为由，把他指斥为傲慢，激起庄烈帝的怒火，然后起草了一篇圣旨质问他，并命令他讲一讲足兵、足饷的办法。宗周规划好了回奏上去，延儒、体仁无法争论了。
此后宗周在担任京尹时，政令一新，在打击豪强方面尤其坚定。宦官向他讲的事他一概不答应，有时宦官甚至还辱骂他，宗周却照原样治事，毫不妥协。武清侯家里的仆人殴打儒生，宗周把他痛打了一顿，给他戴上木枷送到武清侯家门外。有一次宗周外出看到戏子们携带的大竹箱，就把它在交通要道上给烧掉了。他对独户、下等贫困户的优恤却极周到。在位一年，宗周请病假还乡，京师的百姓为他罢市致意。
八年七月，内阁缺人，庄烈帝命令吏部推举在籍的大臣补缺，吏部把孙慎行、林轩及宗周三个人的名字报了上去。庄烈帝传令有关部门催促宗周入朝，宗周坚决推辞，庄烈帝不允许。宗周在第二年正月入都，慎行当时已经死去，宗周就和林轩两个入朝。庄烈帝问人才、兵食及流寇猖獗的事情。宗周说：“陛下追求太平的心思太急，用法太严，发布的政令太繁琐，对天下士人的任免太轻率。诸臣怕被问罪，一味掩饰过错，不肯尽心办好政事，因此有人但没有人才的用处，有饷但没有兵饷的用处，有将不能治兵，有兵不能杀贼。流寇本来是朝廷的赤子，招抚的办法恰当，他们就会还乡当他们的百姓。现在应该赶紧把收拾人心当成大本，收拾人心的办法首先是宽待地方官员。对地方官员的惩罚重，吏治就会败坏，吏治败坏民生就会困苦不堪，盗贼正是由于这个原因才越来越多。”庄烈帝又问他兵事，宗周说：“抵御外侮以治理好国内为基础。国内的政治治理好了，远方的敌寇自然会归顺。大禹为王时，朝廷干羽舞动有苗氏便被感化了。希望陛下运用尧舜那样的心肠，推行尧舜那样的政治，这样天下自然就太平了。”宗周回答完以后赶紧退了出去，庄烈帝回头对体仁讲，认为他的话迂腐，就让林轩辅政，宗周另派用场。不久宗周被授官工部左侍郎。过了一个月，宗周上了一篇痛愤时艰疏，其中讲道：
“陛下决心坚定地追求太平，可是二帝三王治理天下的办法却没有抽出时间来讲求，政治举措的先后次序还有很多不得要领的地方。陛下首先专注于边功，因而那罪大恶极的总督就进呈五年恢复失地的说法，这成为后来失事的祸胎。己巳年(1629)那些战役，大臣对国事的谋划不善，朝廷开始产生了轻视士大夫的心理。从此以后让近侍充当耳目，把心腹派到了大将身边，治国的方法崇尚刑名。政体趋于繁琐，天下事一天天败坏下去以致到了不可挽救的地步。东西厂和锦衣卫负责纠察，揭人隐私的风气盛行起来了，官僚士绅一经打入皇家监狱，朝廷里廉洁的操守就给磨灭了。人人救过不暇，欺君罔上的风习变得厉害了；事事取决于皇上独断，谄谀的风气就越来越得到滋长。法律不由刑部长官执行，犯法的人就越来越多。皇上自行颁发圣旨处理各色案件，每年亲自判几千起案件，应有的、好生的德意泯灭了。刀笔吏起草诏令，天子的话变得轻慢，对臣下琐屑的事故都要惩治，政体就受到伤害。对地方官吏的处罚取决于钱谷的征收，因而地方上官越来越贪婪，吏越来越横暴，田赋越欠越多。对百姓的敲剥多了，民生病苦，严刑搜刮已经都不起作用了，盗贼却一天天产生。任用了总理，下边官员的作用变小了，派遣了监视，封疆大吏的责任感变淡了。总督、巡抚手中没权，武将就越发胆怯，武将不守法纪，士兵也越来越骄横，武将胆怯，士兵骄横，朝廷的威严和命令就是对总督、巡抚也不起什么作用了。朝廷限期要他们平贼，他们就天天杀害平民百姓来报功，于是天下生灵涂炭，民不聊生了。原以为有一天老天会启发陛下，裁撤对总督的委任，重视郡守县令的人选，停止征兵买马，束缚酷吏的暴行，实施维新来教化天下，而且将会和重臣们一道洗心涤虑，开诚相交，不料君臣之间和洽相待是这样地困难。得到一个文震孟却因为一句话把他给罢了官，使大臣之间失去了和衷共济的情谊；得到一个陈子壮却因为他过于戆直被问了罪，从而使朝堂上敢表示不满意的风尚荡然无存。这些对于国体、人心的关系可不是浅显的呀！
“陛下一定要体察上天生长万物的心来表示对上天的敬仰，而不要只靠刑法来制约人；一定要想到遵守祖宗借鉴古人立下的制度来表示对祖宗的顺从，而不能轻易改变祖制。要以简要发号施令，以宽大培养人才，以忠厚培植国脉。发布政令要施行仁政，收取天下已经涣散的人心。而且要让太监回到宫廷中担任他应有的洒水扫地的劳役，惩办懦弱军将违反法令的死罪，慎重掌握宗室子弟改任别职的办法。然后派遣廷臣带着宫廷使用的库银巡行郡国，充当招抚使，赦免那些无罪而流亡的百姓，在险要的关隘处驻扎官兵，实行坚壁清野政策，允许造反者在走投无路的情况下返回自己的家乡，这样除贼首杀掉之外，还可以不杀一人而结束这场战争，哪里用得着兵威相加呢？”
这篇奏疏递进去以后，庄烈帝恼火得很，指示阁臣再三起草严厉的圣旨批评宗周。每次起草好送上来，庄烈帝都拿起他的奏疏复读，站起来走几个来回。后来怒气消了，颁布圣旨质问宗周，说大臣议论国事应当体谅国家的难处，考虑当前的实际情况，不应当像小臣那样把敢于归过于朝廷当成名气大，不过还是称赞了宗周为人的清直。
当时太仆寺缺少购马的钱款，朝廷发布诏书表示有愿意捐款的收下，体仁及成国公朱纯臣往下很多人都有所捐助。朝廷又决定停办明年元旦的朝觐仪式。宗周认为大臣捐款、停办朝觐是国家的大耻辱，庄烈帝虽然不高兴，心里称赞他的忠诚，更加想重用他。体仁担心他受到重用，就收买山阴人许瑚上书评论宗周，说他道学有余，才干不足。庄烈帝认为许瑚是宗周的同乡，对他的了解应该是真实的，就停止了重用宗周的想法。
这年秋天，宗周三次上书才得以请假回乡。走到天津时听说京师受到攻打，就停下来养病，十月里战事稍微平息一些，宗周就上书说：
“己巳年(1629)的事变，误国者只是袁崇焕一个人。小人借此争着发泄门户之间的怨恨，把异己者都当成崇焕的同党来办罪，天天捏造流言蜚语，逐渐把这些人都排挤掉了。从此以后小人进用而君子退出了，宦官掌了权而朝臣越来越被疏远了，对文臣的惩罚一天天增多，欺君罔上的行径越来越厉害，朝政一天天败坏，边防的情况越来越恶劣。今日之祸，实际上是己巳年以来逐步酿成的。
“像张凤翼那样失职于兵部的人，朝廷却让他专职负责征战，怎么能让王洽死而心服？像丁魁楚等人那样失事于边境的人，朝廷却责成他戴罪立功，怎么能让刘策死而心服？各兵镇过来的勤王部队，争先入卫的有几个人，却没听说哪个因为逗留不前受到指责，怎么能让耿如杞死而心服？现在用二州八县人民的生命换来了敌人饱食而去的结局，廷臣们却一个个像无可治罪的样子，又怎么能对得起韩火广、张凤翔、李邦华等等被贬被罢的大臣呢？我因此方知道小人祸人祸国是没有止境的。
“过去唐德宗对群臣说道：‘别人总讲卢杞奸邪，我倒很不觉得他奸邪。’群臣答道：‘这正是卢杞所以是奸邪的原因。’我经常反复地思考这句话，觉得它是一切时代辨别奸邪的要领。所以说：‘大奸类似忠诚，大佞仿佛真诚。’陛下不加明察使用这样的人，就会把天下的小人都聚集起来呆在朝中，而自己还不觉得。
“至于现在刑政方面最荒谬的事，如成德只是一个傲慢的小吏，朝廷却用赃罪把他充了军，怎么能严肃惩治贪污的政令呢？申绍芳做了十多年监司，朝廷却用莫须有的借口把他给刺配充军了，怎么能显示抑制钻营的法典呢？郑曼阝的案子是因为有人诬告而受到的制裁，怎么能发扬劝人守伦常的教化呢？这几件事，都是因原任辅臣文震孟而引发，也还是过去驱除异己的那老一套，可是廷臣没人敢出来说话，陛下也无从得知这一切。唉！八年之间是谁在掌握国家政权，把事情弄成了这样！我无法替首辅温体仁做解释了。古人说：‘是谁栽下的祸根，至今仍作梗害人？’我看说的就是体仁。”
奏疏递上后，庄烈帝大为恼怒，体仁又上书猛烈诋毁，于是宗周被罢官为民。
十四年(1641)九月，吏部缺左侍郎，朝廷推荐的人不能让皇上称心如意，庄烈帝上朝后叹着气，对大臣说：“刘宗周清正敢言，可以充任。”就这样任命了他。宗周两次辞谢推不掉，才上路赴朝，路上进呈了三篇答刂子：一是明圣学以端治本，二是躬圣学以建治要，三是重圣学以需教化，共几千字。庄烈帝以口气婉转的诏书回答了他。第二年八月宗周还没来，庄烈帝就提拔他为左都御史。宗周极力辞谢，庄烈帝传出圣旨催促他进朝。一个月后，宗周到文华殿里参见，庄烈帝问他都察院的职掌何在，宗周回答说：“在于端正自己进而端正百官。都察院长官务必使自己心中所存的一切念头往上可以对得住君父，往下可以经得住天下士大夫的质问，然后百官才会取法、模仿他。使大臣守法，小臣廉洁，朝廷的规矩严肃，都是都察院长官的职责，不过严格要求巡方是其首要的事务。巡方得人，吏治就会清明，民生也就顺遂了。”庄烈帝说：“卿努力干，不要让我失望。”于是宗周上书分别讲了树立道德规范，端正职守法规，强化典章制度，清除暗藏奸人，惩治官吏邪行，整顿吏治六件事，庄烈帝高兴地采纳了。不久宗周弹劾御史喻上猷、严云京并且推荐袁恺、成勇，庄烈帝都听从了他。后来上猷接受李自成的重要职务，最终受到世人的唾骂。
冬季十月里，京师受到攻打。宗周请表彰为国死难的卢象升，并追究、诛杀误国奸臣杨嗣昌，逮捕骄横不法的大将左良玉；防守山海关以准备反攻，防守潞安府以提防敌兵偷渡，防守通州、津门、临清、德州以准备南下。庄烈帝没能完全听取他的意见。
闰十二月三十日，庄烈帝在中左门召见廷臣。当时姜土采、熊开元因为谈论国事被打入皇家监狱，宗周约请九卿一同营救他们两个。入朝后听说皇上下了密旨要把他们两个置于死地，宗周大吃一惊地对大家说：“今天要全体出动，空署争取，一定要把他们改送到刑部方能罢休！”等进去回答提问时，御史杨若桥推荐说西洋人汤若望精通火器，请求皇上加以召试。宗周说：“边臣不讲求战守、屯防的办法，专门想依靠火器。近来城邑沦亡，难道是没有火器造成的吗？我们用火器制服别人时，别人得到了也可以制服我们，没看到河间是被别人用火器给打下了吗？国家大计，应当以法纪为主，大帅骄横不法，援兵逗留不前，怎么对这些反倒姑息迁就，在这里干纷纷扬扬毫无益处的事呢？”接着讨论督师、巡抚的去留问题，宗周请先拿掉督师范志完，并且说：“十五年来，陛下处理事务不得当，导致了现在的败局，不追查祸害的起因，改弦更张，想运用一些得过且过的政治手段来弥补目前的漏洞，并不是长治久安的办法。”庄烈帝变了脸色，问道：“过去的无法追悔了，善后措施又该怎样呢？”宗周答道：“在于陛下开诚布公，同天下人的好恶一致，听取国人的意见决定取舍，进用贤才，开通言路，逐步与天下一道再造乾坤。”庄烈帝问：“目前烽火在京郊燃烧，敌兵未退，况且国家败坏已极，应当怎么办才好？”宗周说：“加强武备一定先要求练兵，练兵一定要首先选将，选将一定要首先选择贤能的督师、巡抚，选择贤能的督师、巡抚一定要首先吏、兵二部用人得当。宋代大臣说过：‘文官不爱钱，武官不惜死，天下就会太平了。’这句话可说是对现在的讥刺。现在议论人才只看才干、名望，不问操守如何，没有操守不检点而遇事敢前、军士惧怕他的权威的道理。如果只把议论流畅、举动豁达当作才干，那么这种人为自己博取爵位、才干是有余的，要求他为国家成事立功就不行了，用这种人对于成败有什么裨益呢？”庄烈帝说：“国家在解救危难之际，用人不能不先看才干后看操守。”宗周说：“前人国家破灭，都是因为将官贪婪、放肆才造成的，所以从解救危难的目的出发，用人更应该先看操守后看才干。”庄烈帝说：“大将别有才干，不是仅仅有操守就能指望他成就战功。”宗周说：“别的且不一一说，就比如说范志完操守不检点，手下的大将偏裨无不是因为贿赂进用的，所以一经交战，三军解体。由此看来，看人还是要以操守为主。”庄烈帝态度缓和了，说：“朕已经知道了。”接着让宗周站起来。
宗周于是站出来进言说：“陛下正在下诏书求贤，姜土采、熊开元二位大臣就因为说话被问罪。我朝没有言官打进锦衣诏狱的事例，如果说有是从他们两个才开始的。陛下度量卓越，妄诞的像我宗周，戆直的像大臣黄道周，尚且得到了戴罪委任的大恩，这两位臣子怎么就这么不幸运，得不到皇上的饶恕？”庄烈帝说：“道周有学问有操守，跟他们不好比。”宗周说：“他们两个实际上是不如道周，但是朝廷对待言官应当有个体统，他们的话可用就用，不可用可放到一边去。就是他们有应得的惩罚，也应当交给法司去办。现在突然把他们打进锦衣狱，毕竟有害于体统。”庄烈帝恼火得很，责问道：“法司、锦衣都是刑官，何公何私？另外惩罚一两个言官，怎么就损害了国家体统？如果有贪赃枉法、欺君罔上的奸人，难道都可以不问吗？”宗周说：“锦衣官都是些膏粱子弟，哪里懂得什么礼义，只是听宦官指使。就是陛下自己要问什么人贪赃枉法、欺君罔上的罪，也不能不交给法司来办。”庄烈帝十分恼火地说：“这样偏袒的人哪配担任宪职！”过一会儿又说：“开元这篇奏疏一定有人在背后主使，我怀疑就是你刘宗周。”金光辰争论这件事，庄烈帝怒喝了他一通，命令连带他一同讨论处分。第二天，命令把光辰贬官三级调出朝廷，宗周剥夺职务，由刑部加以定罪。阁臣压下命令暂时不宣布，把原来的圣旨又捧回到庄烈帝面前恳求，营救宗周，才免予定罪，把他罢官为民了事。
宗周回去才两年，京师就失守了。他徒步带着武器去到杭州，责成巡抚黄鸣骏为庄烈帝发丧，出兵讨贼。鸣骏告诫他要镇定一些，宗周勃然大怒，说：“君父死于不正常的事变，先生在地方上专门带兵，不想到枕戈待旦，泣血同悲，激励同仇，只是想借口镇定做退避的打算吗？”鸣骏支支吾吾说不出什么。第二天，宗周又催促他，鸣骏说：“发丧一定要等接到哀诏才成。”宗周说：“嗨！这是什么时候，想从哪里接到哀诏呢？”鸣骏于是在杭州为庄烈帝发丧。宗周问出兵的日期，鸣骏却说：“武器还没有备齐。”宗周叹气说：“唉！和这种人在一起能干什么呢？”于是与原侍郎朱大典，原给事中章正宸、熊汝霖召募了义师，正打算出兵，福王在南京监国，把宗周起复原官。宗周因为国家的大仇未报，不敢接受官职，自称草莽孤臣，上书谈论时政说：
“现在的大事除非讨贼复仇，否则就无法表白陛下渡江南下的雄心；除非毅然决策亲征，否则就没法振作天下人忠勇义愤的气概。具体讲来有以下几件事：
“第一，占据战略要地以便图谋进取北方。江南不能成为偏安之地，请进图收复江北。凤阳号称中都，往东可以扼守徐州、淮州，往北可以控制河南，往西可以照顾荆州、襄阳，往南又离南京城不远，请在那里驻扎陛下亲征的部队。对各级官吏的任命，都暂时自称行在，以便稍稍使臣子保存自己想回避的负罪的心态。从凤阳逐步向北推进，我想陕西、山西、河北、山东一定会有响应号召而起兵勤王的人。
“第二，加强建立藩屏以便帮助镇压逆贼。淮州、扬州几百里地方，过去设置了两员大将，没能平定战乱，反而争先南下，以至于把江北偌大一块土地拱手让给了贼寇。督漕路振飞坐守淮城，很早就用船把家属送到了远处，这简直是在提倡大家逃跑。于是镇臣刘泽清、高杰据说都把家属安顿到了江南。按照军法，临阵脱逃的应予斩首，我认为这么一个抚臣、两个镇臣都该斩首。
“第三，慎重进行封爵奖赏以便严肃军心。请朝廷分析一下各个将帅的封赏，看哪个是该封的，哪个是滥封的，属滥封的轻则可以收回侯爵，重则可以剥夺伯爵。如果说左良玉将军是因为收复失地而得到封侯，高杰、刘泽清临阵败逃也得到封赏，那么又有哪一个不应当封赏呢？武臣的封赏滥了，文臣也就跟着滥，朝廷里的封赏滥了，宫廷里的宦官也就跟着滥。我真担心天下人知道这些后就会离心离德。
“第四，清查原任官吏以便树立人臣的规范。北京失陷后，原任官吏中有接受伪官背叛朝廷的，有接受伪官后又逃出来的，有在任职地方逃出来的，有奉使命而逃出来的，法律对这些人应一概问罪，不能赦免。朝廷应对这些人赶快加以辨别、定罪，以便警告以后的臣子。
“至于接受伪任后南下的官吏，他们在忠顺与逆反之间徘徊不定，这样的人是大有人在，他们一定会制造一些邪说蛊惑人心，这种人尤其应当斩除净尽。”
又说道：
“当贼兵进入陕西流入山西逐步打到畿南时，周围地区人心惶惶，可大江南北像太平没事的样子。那么两三个总督、巡抚在这里却没听说过他们派一兵一卒过去，以壮声援，贼兵因而得以长驱直入打下皇宫。坐视君父危亡而不救，这是封疆诸臣应予诛杀的第一条理由。皇上驾崩的消息已经确定无疑，诸臣假如愿意奋戈而起，决一死战，赎免前罪，就应当星夜出动。可是他们却在那里仰声息于南京，争着空谈固守的策略，丢掉在地方上的兵权，抢夺辅立新君的大功，这是封疆诸臣应予诛杀的第二条理由。新君登基之后，本应该一天不耽搁，马上派遣北伐的军队，要不然，就应当立即派一名使节，从小路上北进，给河北父老发布檄文，召来塞上的名王，哭祭宗庙，安置先帝的灵柩，寻访诸王。再不然，可以起用福建大将郑芝龙，用海军进克直沽，九边总督再合谋共奋，事情或许还可以成功。可是诸臣不想到这些，这是满朝文武谋国不忠，应当诛杀的第三条理由。过去因罪被罢的大臣，朝廷酌情予以平反，本应当借先帝遗诏的名义进行，现在却一概使用新天子的名义。关于诛除阉党的案子，陛下与先帝的诏书前后冲突，这样势必要把那些穷凶极恶的坏人们都平反才罢休，这是满朝文武谋国不忠，应予诛杀的第四条理由。我认为现在办罪，应当从朝廷内外不称职的诸臣开始着手。”
福王命令接受他的奏章，交付史馆收存，朝廷内外因此受到了震动。马士英、高杰、刘泽清恨透了，更加想要杀掉宗周了。
宗周接连上书请假得不到回复，就抗言上书弹劾士英说：
“陛下从淮州一带起家当天子，事实上是老天给的大命，可是有人因为随从的一点点功劳就入内阁，进中枢，接受官衔世荫，似乎可以心安理得地接受这些，这个人不就是士英吗？从此李沾侈言辅立新君的功绩向廷臣挑战，刘孔昭认为功赏不均跟吏部长官大发怒火，朝堂上相互吵闹喧哗不已，一群小人们于是翩然而起，粉墨登场。假借懂军事的名义，逆党也可以死灰复燃了；放宽反正的门路，逃臣也可以拉来任职了，因而阁部诸臣逐渐都要申请弃官还乡去了。朝廷里边正忙于制造党论，哪有功夫算计河北的贼寇；立国的纪纲已被破坏殆尽，怎么考虑灭敌复国的策略。高杰是一个逃将，可是朝廷把他奉若赤子，慢慢就有尾大不掉的忧患了。淮州、扬州出了事，朝廷不难考虑派抚臣道臣过去向他们道歉，可是这样怎么能不长其桀骜？说到头来他们是靠着士英的庇护才如此。刘泽清、黄得功过去都有各自的驻防区域，可是他们像下棋一样把它抛到一边去，在那里斗鸡一般气势汹汹地争夺地盘，以至于朝廷把江北分划成四个兵镇来安置他们。这样做怎会不启其雄心？说到头这件事是由高杰引发的。京营自祖宗以来都是由勋臣来主持，兵部侍郎辅佐勋臣，陛下开国伊始，就任命了宦官卢九德，对这件事士英不能推卸他应有的责任。”
福王用口气婉转的诏书回答他，同时催促他赶快入朝。
士英大为恼火，当天就写下奏疏要辞职，又在朝廷里扬言说：“这位刘公自称草莽孤臣，不署新天子给他的任命，明明表示他不向天子称臣嘛。”他的私党朱统翷于是弹劾宗周上书请皇上移驻凤阳：“凤阳是监狱所在地，他想把皇上当作有罪的宗室子弟安置到那里，然后与史可法一道拥立潞王。他们的部队已经潜伏在丹阳了，应该紧急加以防备。”另一方面泽清、高杰一天到晚策划怎样杀掉宗周，找不到办法就派了十多个刺客过去刺杀。宗周当时在丹阳一天到晚正襟危坐，不曾懒散过。先后过来的刺客都不敢下手就离去了。黄鸣骏入觐，部队开到京口跟江防部队相斗杀，士英以为统翷的话是真的，也怕得要死。于是泽清上书弹劾“宗周暗中阻挠收复失地，想杀掉我们这些人，激起将士们变心，给天下百姓带来灾殃”刘良佐也写了一篇奏疏说宗周极力压制“三案”充当门户首领；提出要皇上亲征，企图像晁错那样自己担任留守；像司马懿那样关闭城门不让皇上进去。良佐的奏疏还没发布，泽清又写一篇奏疏，并署上高杰、良佐及黄得功的名字交了上去，说道：“宗周劝皇上亲征，试图谋害君父，想把陛下安排到烽火连绵凶多吉少的地方去，居心何在？这件事不是宗周一个人的主意，而是姜曰广、吴生生等人共同策划的，曰广为人心雄胆大，拥立陛下并非他的本心，所以暗中勾结死党，想剪除忠臣以后强迫陛下迁移到别的府城去。假如吴生生、宗周入都，我们就立即渡过长江，到朝廷里当面抨击这帮奸臣，实行春秋所讲的讨贼的大义。”他的奏疏递上后，满朝文武吓了一大跳，福王传发指示要大家团结一心，共渡时艰。宗周迫不得已，就在七月十八日入朝。当初，泽清的奏疏公布后，朝廷派人抄了一份送去给高杰看，高杰说：“我们武人怎么能干预朝政呢？”得功也上书辩解说：“我事先根本不知道。”士英却把得功的奏疏压下不往上送。史可法气愤不平，派使者过去一个个质问各镇将帅，大家都说不知道。可法就把情况如实报告了福王，这下泽清等人为之沮丧。
士英已经忌恨宗周，越来越想排挤掉他，就推荐说阮大铖懂军事，福王传令让大铖穿上官服进见。不多天，从宫中传出特旨任用大铖为兵部添注右侍郎。宗周说：“大铖的进退关系到江南的兴亡，老臣不敢不争他一回。皇上假如不听，我也要还乡去了。”奏疏递上去后福王不听，宗周就告老还乡，福王传下诏令允许他乘坐官方车马回乡。宗周即将动身前上书讲了五条建议：一是勤问政事，不要因为沉湎于眼前的享乐忽略了远大抱负；二是振举王法，不要因为皇上对臣下的开恩损害臣子们应守的法度；三是明定国事，不要让邪气压了正气；四是端正治术，不要把刑名摆到教化前头来；五是巩固国本，不要因为外患酿成内忧。福王用语气委婉的圣旨回复说知道了。
第二年五月，南都覆亡了。六月，潞王投降，杭州也失守了。宗周正在吃饭时听到这个消息，把桌子都给推倒，失声痛哭起来，从此就开始绝食。他移居到城郭之外后，有人用文天祥、谢安的故事劝说他，宗周说：“北都的事变发生时，我可以死，也可以不去死，因为身在乡间，还有希望看到国家中兴。南都的事变发生时，是主上自己放弃了自己的江山，我还认为可以死，也可以不去死，以便等待国家后继有人。现在我们浙江也投降了，老臣不死还等什么呢？如果说我不在官位上，不应该与城共存亡，难道不应该与国土共存亡吗？这也就是过去江万里自杀的道理了。”出去辞别祖墓回来，船经过西洋巷时，宗周投入水中，水浅没死成，船夫把他扶了上来。宗周前后绝食二十三天，开始还喝点茶水，后来十三天里滴水不沾，像往常一样跟弟子们进行学术问答。闰六月八日，宗周绝食身亡，终年六十八岁。
宗周早年从许孚远那里接受学业。后来又进入东林书院跟高攀龙等一起讲习。冯从吾首善书院的讲会，宗周也参加过。浙江自从王守仁以后，心学一传为王畿，再传为周汝登、陶望龄，三传为陶。。龄，都掺杂了禅学的内容。龄在白马山讲学，提出了因果说，离王守仁的思想更远。宗周对此很忧心，修建了一所证人书院，召集志同道合的人在一起讲习。快死的时候，宗周对自己的学生说：“治学的关键在于心中的立诚，主敬是立诚的外部功用。能主敬心中就能立诚，立诚就合乎天性了。良知学说很少不流入禅学。”宗周在官位上的时间不多，他侍奉君主不把表面的服从当成恭敬。他入朝做官时，即使一个人呆在暗室里，都不敢把脸朝南坐。无论审判大案，还是讨论大事，或者是阅读圣旨，他都要退后几步，拱手站立很久才敢进行。有时请了病假，就徒步回到家里居住，布袍粗饭，乐道安贫。一旦接到朝廷的召唤他马上就上路，有时连衣服、帽子都不等穿齐戴好。学者们把他称为念台先生。他的儿子叫刘氵勺，字伯绳。
黄道周，字幼平，漳浦人。天启二年(1622)进士，改选庶吉士后，授职编修，担任经筵展书官。按照惯例，展书官一定要跪行到皇上面前，道周却不跪行，魏忠贤狠狠地瞪了他几眼，以示恐吓。不久，道周为母亲守丧回家去了。
崇祯二年(1629)，道周以原职起用后，升任右中允。因为他多次上书营救原辅臣钱龙锡，被降职调用，龙锡得以减免了死刑。五年正月，道周在候补期间生了病，请求离朝还乡，临行之前上书说：
“我从小学习易经，用天道作为准绳，史书所记载的二千四百年历史，用天道来考察其治乱兴衰，百无一失。陛下登基后第一年，正碰上师卦的上九爻，其爻辞说：‘天子有命令说：封建诸侯和任命卿大夫，小人都不可用。’所以说陛下思念贤人不能马上得到，惩处小人不容易清除干净，这是因为陛下虽然有天子的英明，但是小人们总是怀着抵触命令的心态。我入京以来所看到的大臣们都没有什么远大策略，动辄找别人的小毛病。治理朝廷中政务的大臣把察处别人当成要事，治理边疆军事的大臣把苟且偷安看作上策。有人讲论仁义道德，就认为是迂腐、幼稚；那起草簿书的小官吏，倒被看成通达、识时务。一经勘察官员政绩，就弄得终年纠缠不休；下属的一点意见不合胃口，就株连四起。陛下想整顿朝廷纪纲，驱除外患，那帮大臣就用严刑峻法，打击百官，陛下想革弊防奸，以一警百，那帮大臣就以此借题发挥，制造矛盾，招揽权力。进一步说吧，朝堂里的大臣们敢欺骗陛下的，一定不是那些战战兢兢，照章办事的士人，而是那些把持权力，百般乖巧的人；宫廷里的大臣们敢欺骗陛下的，一定不是那些推磨、切菜、管钱管账的下人，而是那些权倾宗社的显贵。请陛下明智地思索一番，参看古今的史书想一想，自古至今，绝对没有斤斤计较于俸禄多少的人可以提出远大策略来的；也没有吹毛求疵的人可以取得三皇五帝那样的政治成就的。”
庄烈帝阅后很不高兴，摘出“纠缠”、“株连”等字眼，责令他做出具体解释。道周上书说：
“近年来朝臣们所看到、想到的，没有一件事是真心为了朝廷好。他们选用人才，所作所为，不过是为了寻求报复。从前年春天开始，朝臣们大谈边疆的事务，事实上并不是为陛下守边疆，而是为谋逆的阉党翻边疆的案；从去年春天开始，朝臣们大谈科场的事务，事实上并不是替陛下整顿科场，而是为了报复仇怨翻科场的案。这难道还不是我说的‘纠缠’、‘株连’吗？”
这些话都是影射大学士周延儒、温体仁的，庄烈帝更加不高兴，把他给罢官为民了。
崇祯九年(1636)，因为有人推荐，朝廷召回道周，恢复了原先的官职。第二年闰月里，朝廷因长期干旱不雨，诏令百官反省，道周上书说：“最近朝廷内外都在斋戒，为百姓请命，可是朝廷里五天逮系了两位尚书，没听说有一个人上书请救，怎么能指望老天消除凶灾，帮陛下实现公正、光明的政治局面呢？”又上书说：“陛下宽宏大度，肯于饶人，所以有身寄重任达七八年没什么功效，还依然把持大权的。发展到现在，国家没有是非之分，朝廷没有什么枉直之辨，里里外外的群臣百官大都得过且过地办事，这实在令人痛心疾首。不过下边群臣百官的所作所为全都决定于上边。上边急于征收租税，下边就急于收贿行贿；上边喜欢苛刻地考核，下边就喜欢夸大其事；上边喜欢揭人隐私，下边就喜欢诬陷。在这南北交讧的时候，朝廷干什么要和市井里的小百姓计较那些家庭不和的传闻，结那本来不必理睬的仇怨呢？”当时体仁正引用一些坏人制造东林、复社的案子，所以道周谈到这些。
不久道周升任右谕德，掌管司经局，他上书辞让时，说自己有三罪、四耻、七不如。三罪、四耻，用来自我批评，七不如是说“在品行峻洁，超出常人方面，不如刘宗周；在性情涵养，无愧纯孝方面，不如倪元路；宏观思维，远见深计方面，不如魏呈润；犯言直谏，裁决平允方面，不如詹尔选、吴执御；志尚高雅，博学多通方面，不如华亭的平民陈继儒、龙溪的举人张燮；说到监狱中因事累及被逮的大臣，那么在心性朴实，行为纯正方面，不如李汝璨、傅朝佑；在文章意气风发，仕途坎坷，光明磊落方面，不如钱谦益、郑曼阝”郑曼阝当时正因为所谓的棍打母亲事受人唾骂，所以庄烈帝接到章奏大吃一惊，批评他颠倒是非。道周又上书辩解，言辞之中又有营护郑曼阝的意思。庄烈帝恼了，下一道措辞严厉的诏书训斥了他一番。
道周因为文章、气节名高于天下，为人严肃、刚正，不与世俗相妥协，公卿大多害怕并且忌恨他，于是借用了不如郑曼阝这句话作为口实。这年冬天，朝廷要选用东宫讲官。体仁已经去职，张至发担任了执政，把道周排除在外，不让他参与。道周的同事项煜、杨廷麟认为不公正，上书推荐道周。至发说：“郑曼阝棍打自己的母亲，诏书中已讲得明明白白，道周自称不如郑曼阝，还怎么可以做太子的老师呢？”道周于是称病求去，庄烈帝不答应。
十一年(1638)二月，庄烈帝一次来经筵前讲读。当时刑部尚书郑三俊刚刚入狱，讲官黄景窻营救他，庄烈帝不同意。这时庄烈帝正好追论以前讲官姚希孟曾经奏请把漕运储藏全都改为折征银两的错误，道周没听仔细，认为庄烈帝将宽释三俊并且追念希孟，于是讲道：“原任辅臣文震孟一生直而不顺，未曾得到过赠恤。天下的士大夫活着的如三俊，死了的如震孟、希孟，即使求其仿佛，也不可多得。”庄烈帝认为他的回答不真实，责令他再做回奏。道周再奏，庄烈帝再做质问，一直到三次进奏才算完。道周前前后后所提出过的建议，未曾得到过一次同意的批复，但道周还是不停地进言。
六月，朝廷中推举阁臣。道周当时已经担任日讲官，升为少詹事，得到了提名。庄烈帝没有任用他，而选用了杨嗣昌等五个人。道周于是起草了三篇奏疏，一篇弹劾嗣昌，一篇弹劾陈新甲，一篇弹劾辽东巡抚方一藻，在同一天里交了上去。他弹劾嗣昌说：
“天底下不会有无父之子，也没有不臣之子。卫国的开方不回家省亲，管仲竟把他比作猪狗。李定不为继母守丧，宋朝人都把他指为人枭。现在就敢有不为父母穿孝服，端坐在政府中，像嗣昌这样的人。宣、大总督卢象升因为父亲刚入殡而自己在仕途上，所以椎心泣血，请求就近任职，后来竟忽然间冒出一道在官位上守丧的圣旨来。守丧如果可以推脱，那么闻丧就可以不奔丧了；闻丧可以不奔丧，那么为人子者就可以不认自己的父亲，为人臣者就可以不认君父。国家即使人才很缺，也不能让这种不忠不孝的人呼朋唤友，招徕同类，播下不祥的种子来玷污国家呀！嗣昌在朝理事两年了，从他提出的十面张网、超占田土加租的办法和通贡、互市的乐观主张来看，他的才智到底怎样也该可以看出来了。现在他又要再起用一个不祥之人和他互为表里。陛下用孝道治理天下，缙绅家庭一些小小的婆婆妈妈的纠纷还要依法处治，而对于居丧期间灭绝伦常的行为却认为不必禁止，我认为这样不行。”
他评论新甲，说他：“没有守完丧，就走邪道，寻求关系踏上仕途。天底下即使很缺乏人才，也不应该把他派上用场。”他评论一藻时，极力批评了和议的错误。庄烈帝怀疑道周是因为自己没被选用而抱怨“缙绅”、“纠纷”的提法是想为郑曼阝开脱罪责，所以交由吏部对他进行贬官处分。嗣昌于是上书说：“郑曼阝棍打自己的母亲，禽兽不如。如今道周又自称比不上郑曼阝，况且他的意思只不过是想包庇郑曼阝那样的恶人，掩饰以前言语的差错罢了，居心可知。”进而自请罢免。庄烈帝颁发一道语气婉转的诏书对嗣昌表示安慰。
七月五日，庄烈帝在平台召见内阁及各部的大臣，并且包括道周在内。在与大臣们谈论各部门事务谈了很久以后，问道周说：“凡是个人无所图而做出来的，称为天理，有所图而做出来的，称为人欲。你的三篇奏疏正在廷臣推荐你后未被选用的时候递交上来，真的是无所图吗？”道周回答说：“我的三篇奏疏都是为了维护国家的纲常，自信无所图。”庄烈帝问道：“以前怎么不说？”道周回答说：“以前还可以不说，到他们被选用后不说，往后就更加没有说的日子了。”庄烈帝说：“清白本来是一种美德，但不能用来炫耀自己，满足不正当的目的，况且也只有一个伯夷是圣人中清白的人，像他那样才叫作清白。如果仅仅对于无关紧要的事情小心谨慎，只能说是廉节，不能叫作清白。”当时道周的回答不能让庄烈帝满意，庄烈帝几次驳斥他，道周又进言道：“只有孝悌的人才能治理国家，生养万物。不孝不悌的人，根本都没了，哪里还能有枝叶长出来？”嗣昌这时站出来说：“我又不是从桑树窟窿里钻出来的，怎么不知道孝敬自己的父母。只是想君为臣纲，父为子纲，君臣的关系本当摆在父子之前。况且古时候是各国都有君臣，大臣可以去此而适彼；现在是一统天下一处君臣，大臣对自己君父的义务不可能逃出天地之间。再说仁人不能抛弃父母，义士不能先己后君，这两者不能偏重其一。我四次上书极力推辞，还想着词臣中能有刘定之、罗伦那样的人替我抗言上书申请，让我能满足自己的心愿呢。后来等我来到京师时，听说道周的人品、学术都是一代宗师呢，竟然自称不如郑曼阝。”庄烈帝说：“不错，我正打算问他呢。”接着问道周说：“古人心里无所图，现在的人却各有私虑，所以孟子想纠正人心，消灭邪说。古时候的邪说是另外自成一派的，现在的邪说却干脆依附在圣贤的经传中，对世道人心的危害更大了。我且问你，你自称不如郑曼阝，是什么歪道理？”道周回答说：“匡章受到举国上下的遗弃，但孟子对他不失礼貌，因为他自有长处。我说不如郑曼阝，也只是说我在文章上不如郑曼阝。”庄烈帝说：“章子得不到父亲的欢心，这跟郑曼阝棍打母亲怎么相比。你自称比不上他，难道不是和他勾结又是什么？”道周说：“大家都讨厌一个人时，皇上务必要自己明察，不要随便附和。”庄烈帝又问：“新甲是怎么走邪道，寻求关系踏上仕途的？另外你所说的柔媚取悦，点头哈腰的又是哪一个？”道周回答不上来，只是说：“一个人思想不端正，那么他的一切行为都不会正确的。”庄烈帝又问：“丧当然是凶礼，难道碰上凶丧的人就是凶人，都是不祥之人？”道周说：“古时候大夫守丧三年，君王的命令根本就不会传到他家门口。他自称凶与不祥，所以举行军礼时凿开凶门走出来。克制孝心出来做官，在疆外还是可以的，在朝中就不行。”庄烈帝问道：“人既然可用，为什么要区分内外？”道周说：“我们明朝自从罗伦议论克制孝心以来，前后有五十多人出来做官，多在边疆。所以嗣昌在边疆是可以的，在中央就不行了；在中央还算可以，在政府就不行了；只嗣昌一个人还可以，他又呼朋引类，简直要把朝廷搞成一个有丧不守的夺情世界了，这就更加不行了。”庄烈帝又把他盘问了好久，最后说：“少正卯当时也被称为名人，思想反动而且邪恶，行为不正而且固执，言论错误却说得头头是道，赞同错误还要予以润色，记诵一些乌七八糟的知识但是十分广博，所以难以逃脱圣人的诛戮。现在很多名人也差不多是这样了。”道周说：“少正卯心术不正，我心正，没有丝毫的私欲。”庄烈帝恼了，过了片刻，命令他出去听候圣旨。道周说：“我今天话不讲完，是我对不起陛下；陛下如果今天杀我，就是陛下对不起我了。”庄烈帝说：“你一生的学问，就只学会了油嘴滑舌。”喝令他退出去，道周叩头后后退几步，又跪着说道：“我敢把忠诚直言和油嘴滑舌剖析一下看。一个人在君父面前独立不阿、大胆说话如果叫作油嘴滑舌，难道在君父面前谗谄面谀叫作忠诚？忠诚直言与油嘴滑舌不能分辨，正直与邪妄混乱不清，怎么能实现太平？”庄烈帝说：“是呀，但也不是朕随便用油嘴滑舌来批评你。我提的是这个问题，你回答的是另外的事情，这还不是油嘴滑舌是什么？”又一次喝令他退出去，然后回头看着嗣昌，感叹道：“现在人心轻薄是多么严重啊！道周肆无忌惮，他能不自认为正直吗？”于是把文武群臣都召来聆听了一番教导，然后退朝了。
这个时候，庄烈帝忧心军事，认为可以托大事的只有嗣昌这么一个人，所以破格选用了他。道周泥守经典，违背了庄烈帝的意思，等召见他问话时，他又不退让，庄烈帝十分恼火，想对他实行严惩，害怕他名声太大，影响不好，所以没敢决定下来。这个时候刘同升、赵士春也因为弹劾嗣昌，朝廷决定给予严惩，但吏部给予道周的贬处却很轻。嗣昌担心给道周的处分轻了，弹劾自己的人就会没完没了，所以紧急收买人弹劾道周。刑部主事张若麒打算调入兵部，就迎合嗣昌的意思上书说：“我听说人主的尊贵，尊贵到独一无二的地步；人臣不应自居尊大，自居尊大就该杀头。现在黄道周和他的同伙捏造谣言，贬损皇上的德行，把古往今来不曾有过的好话都加在道周身上，那么一切不好的就都可以归过于君父了。朝廷如果不颁布前些时召大臣问话的整个经过，让天下人知道，那么背公死党的家伙们就会乱传出去，迷惑各地吏民，私自写出来让后代人犯疑，掩没圣天子纠正人心，消灭异端邪说的真实意图。这样影响就很不好。”庄烈帝于是就给廷臣们传了一篇指示，要大家不要接受道周的挟持，与他相互勾结，共有几百字。把道周贬官六级，让他去当江西按察司的照磨。若麒果然如愿，调到了兵部。
很长时间以后，江西巡抚解学龙推荐自己手下的官吏，对道周称颂备至。按惯例，这种奏疏只交有关部门看取，庄烈帝也不再批阅。可是大学士魏照乘极其讨厌道周，就起草诏令批评学龙胡乱推荐。庄烈帝于是发了火，立即把他俩剥夺官籍，逮进刑部的监狱里，批评他们勾结成奸，破坏政治，都打了八十大杖，追究他们的党羽。狱词中牵连到编修黄文焕、吏部主事陈天定、工部司务董养河、中书舍人文震亨，这四个人也被关进监狱。户部主事叶廷秀、监生涂仲吉营救他们，也被关进了监狱。尚书李觉斯量刑很轻，庄烈帝严厉批评了他，又改判为到烟瘴地面充军，庄烈帝还是认为量刑太宽，把觉斯给除了名，把道周移交镇抚司加以拷问，然后才送回刑部狱。过了年后，尚书刘泽深等说：“学龙、道周两个人的罪判他们永久充军也就够了，再往上只有处死刑。处死刑的大臣不是因为丢失领土就是贪婪、凶狠，没有哪个人因为提意见被处死的。道周没有丢失领土或贪婪、凶狠的罪名，而有提意见被杀掉的名誉，如果死刑让道周碰上就不是我们的圣主所有的载天覆地的肚量了。陛下所怀疑的只不过是帮派。但拉帮结派，表现在行动上。道周抗言上书，只借文字讲空话，有那么一两个要好的朋友也都跟着罢免了，所谓的帮派在哪里，用得着动用朝廷的刑法？况且陛下怎么会积恨于道周呢？万一日后您回心转意了，可是我的死刑判决已成事实，那时后悔也没用了。”所以仍旧请照原判结案。道周于是被判为永久充军广西。
十五年(1642)八月，道周充军已有一个年头了。一天，庄烈帝召五位辅臣进入文华后殿，手拿一册书随便问道：“张溥、张采是怎么样的人？”大家都回答说：“是读书好学的人。”庄烈帝说：“张溥已经死了，张采只是一个小官，科道官为什么热心称赞他？”大家回答说：“他胸中装有不少书，科道官因为对他的使用不到头，所以惋惜他。”庄烈帝说：“他为人也不免有些偏激。”当时延儒在嗣昌死后又一次进了内阁，要参考大家的意见为道周活动，就回答说：“张溥、黄道周都不免有些偏激，只是因为他们擅长学问，所以人人都惋惜他们。”庄烈帝没有做声。蒋德瞡说：“道周过去被判充军，皇上的恩德已很宽大了，只是他家里穷，孩子还小，实际情况让人怜悯。”庄烈帝再露微笑。陈演说：“道周这个人对父母也极孝顺。”吴生生说：“道周学无不通，并且为人很清苦。”庄烈帝不答话，只是微笑而已。第二天就传出圣旨恢复道周原来的官职。道周在路途上上书谢恩，称赞了学龙、廷秀的贤德。回到京师后，庄烈帝召见了他，道周见到庄烈帝就流下了泪，说：“我想不到现在还能再见到陛下，只是我本来就在生病。”向庄烈帝请假，得到了批准。
过了很久，福王监国，用道周为吏部左侍郎。道周不想出任，马士英劝说道：“人望在你身上，你不出来，想跟着史可法拥立潞王吗？”道周于是迫不得已进入朝中，交上了九篇进取北方的策论，朝廷册封他为礼部尚书，让他协理詹事府的事务。只是当时朝政一天天坏了下去，大臣相继离开南都，有见识的人都知道福王即将灭亡了。第二年三月，福王派道周去祭告大禹陵，出发前，道周又递上一篇进取策，当时没有被采纳。道周刚办完事，南都亡失了，他到衢州去拜见唐王朱聿键，上表劝进，唐王让道周当武英殿大学士。道周的学问、品行都很高，唐王特别尊敬他，曾经赐宴给他。郑芝龙封为侯爵，位置在道周之上，大家主张压一压芝龙，文武大臣由此不和睦了。有个学生上书攻击道周迂腐，不能担任辅臣，唐王知道是出自芝龙的意思，故意把这个学生交督学御史打了一顿。
在这个时候，国势已衰，朝廷大权掌握在郑氏手中，这位大帅仗着唐王的恩赐，观望不前，不愿意出关召募士兵。道周于是自请到江西去谋划收复失地。当年七月他出发，所到之处得到周围地区的响应，募到义旅九千多人，从广信开出衢州。十二月进抵婺源，遇到大清部队，战败后被俘，被带到江宁，单独关在一个房间里，穿着囚服写书。将要处死他时，道周行经东华门，坐在地上不起来，说：“这里离高皇帝的陵墓比较近，可死在这里。”监刑的同意了他。道周幕下的谋士中书赖雍、蔡绍谨，兵部主事赵士超等都死了。
道周学通古今，所到之处跟他钻研的人云集而来。铜山在一个孤岛上，山上有一座石室，道周从小坐卧其中，所以学者称他为石斋先生。道周精通天文、历法、数学、皇极等方面的书籍。他所著的易象正、三易洞玑及大函经，学者整年学习也弄不懂他的学说，而道周自己用它来推演、验证国家的治乱。他死后，他的家人得到他写的一本小册子，上边自己说自己死在丙戌年(1646)，终年六十二岁，大家才相信他真能预测未来。